| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,146,507 | +T | pseudogene (1028/1643 nt) | flgK → | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,146,507 | 1 | . | T | 98.0% | 911.1 / 7.3 | 250 | pseudogene (1028/1643 nt) | flgK | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base T (108/137); total (111/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
ACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑G‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT > NZ_CP025268/1146368‑1146639 | cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAg‑gt > 1:2106955/1‑139 (MQ=255) cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAg‑gt < 1:3156144/140‑2 (MQ=255) cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAg‑gt < 1:4530070/140‑2 (MQ=255) cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAg‑gt < 1:4974989/140‑2 (MQ=255) cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAg‑gt > 2:2012874/1‑139 (MQ=255) gCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAg‑gtg > 1:1173839/1‑138 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAg‑gtgac > 2:844146/1‑136 (MQ=255) ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAg‑gtgac > 2:5072782/1‑136 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACTGCGATGCCGGTGAAGTTTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑GAg‑gtgacg > 2:3744955/1‑135 (MQ=255) tGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAg‑gtgacg > 2:1779276/1‑135 (MQ=255) ggACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGt > 2:2411267/1‑140 (MQ=255) gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACTGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGtt > 1:4894855/1‑140 (MQ=255) gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGtt > 2:242344/1‑140 (MQ=255) gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGtt > 1:564651/1‑140 (MQ=255) gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGtt < 1:2323422/140‑1 (MQ=255) aCAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTg < 2:2929034/140‑1 (MQ=255) aCAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTg < 1:3529048/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGAt < 1:3378373/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGAt < 1:4839034/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGAt < 1:4016402/140‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGAt > 1:1507787/1‑140 (MQ=255) cgcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGt < 1:405212/140‑1 (MQ=255) cgcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGt < 1:1335744/140‑1 (MQ=255) cgcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGt < 1:1565814/140‑1 (MQ=255) cTGGCCTTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAACGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGc < 2:642138/140‑1 (MQ=255) cTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGc < 2:3229899/140‑1 (MQ=255) cATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACg < 1:5073869/140‑1 (MQ=255) ttGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTa > 1:2113121/1‑140 (MQ=255) gAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGa < 1:2437808/140‑1 (MQ=255) gAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGa < 2:776181/140‑1 (MQ=255) aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt > 2:3004583/1‑140 (MQ=255) aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt > 2:1667811/1‑140 (MQ=255) aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt < 1:3946507/140‑1 (MQ=255) gCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 2:4342180/140‑1 (MQ=255) gCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 1:1719581/140‑1 (MQ=255) gCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 2:2141204/140‑1 (MQ=255) gtacagCCAAAACAAGGCTGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGCGAAGATTTCTTTGCTAGCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCTGAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCGTCcg < 2:4683761/138‑1 (MQ=255) cAACACCGCAAACAAAGCCTGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:3539084/140‑1 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:2228504/140‑1 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:1129276/140‑1 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 1:2061323/140‑1 (MQ=255) cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 1:2284175/140‑1 (MQ=255) tccAACACGACGCAGGGTTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAGGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTa < 2:1289365/139‑1 (MQ=255) cccAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTa < 2:3960155/140‑1 (MQ=255) cAACACAACGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAGAT‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACGGATGTCTCCGCGGTACt > 2:3608416/1‑140 (MQ=255) aaCACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTg > 1:3479295/1‑140 (MQ=255) aaCACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTg > 1:758851/1‑140 (MQ=255) aaCACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTg > 1:1365529/1‑140 (MQ=255) caAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:3641916/140‑1 (MQ=255) aaGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACa < 1:4473055/140‑1 (MQ=255) aGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGCAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAg < 2:2726277/140‑1 (MQ=255) aGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAg > 2:2701284/1‑140 (MQ=255) ggcGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTGTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa < 2:4255731/138‑1 (MQ=255) gCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa > 2:3334143/1‑140 (MQ=255) gCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa < 1:1807203/140‑1 (MQ=255) gCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa > 1:85956/1‑140 (MQ=255) gCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa < 2:4528201/140‑1 (MQ=255) gATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTAc < 1:202202/140‑1 (MQ=255) gATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTAc > 2:4436524/1‑140 (MQ=255) gATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGGGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCACGCGGTTCTGCGAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGGCACAGATTAc > 2:2499947/1‑140 (MQ=255) tGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAAtct < 1:644863/140‑1 (MQ=255) tGCTAACGGCCATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTGTGCAAAACACGCAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAAtct < 2:1869331/140‑1 (MQ=255) cTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCg < 1:3599389/140‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAAGTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGAGTACAAAATCTAGtt > 1:2966213/1‑140 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcgcg > 1:998968/1‑111 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 1:3256613/140‑1 (MQ=255) aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt > 1:3316519/1‑140 (MQ=255) aaCGGCGATGCAGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGGTGCCATCGGTGCCACGGCACCTGAGGCCTCCGCGGTACTGGCGAAAGATTACAAAATCGCGtt > 2:3632712/1‑140 (MQ=255) ggCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGa < 1:1787459/140‑1 (MQ=255) gATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGTCAGATTACAAAATCTCGTTCGataa < 2:4568292/140‑1 (MQ=255) caTGCCGGTGAAGATTTCTTTCCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAGCACGAAAAACA‑AAG‑GTGATGTTGCGATCTGTGCCACGGTAACTGATGCATCCGCGGTACTGGCCACAGATTACAAAATCTCGTTCGataa < 2:138182/139‑1 (MQ=255) tGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataata > 2:4957006/1‑140 (MQ=255) tGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataata > 1:962925/1‑140 (MQ=255) ccGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATaataat < 1:125418/140‑1 (MQ=255) ccGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATaataat < 1:2577261/140‑1 (MQ=255) ccGGTGAACATTTCTTTGGTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGAGCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATaataat < 1:4771039/140‑1 (MQ=255) gTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGAGTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAg > 2:406930/1‑140 (MQ=255) gTGAAGATTTCTTTCCTATCGATAAGCCCCCGGTTCTGCAAAACACGTGTAACAGACT‑T‑GGCGGTGCGAGCGGGGTCACGGTAGCTGGTGCCTCCGCGGTACTGGCGAGGGATTGCAAACCCTCGGTCGATAATAATGAg > 2:4044777/1‑140 (MQ=255) aTTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTCGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAg < 1:4251707/140‑1 (MQ=255) aaGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAg < 1:2390721/140‑1 (MQ=255) gCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCa > 1:101213/1‑140 (MQ=255) gcgGTTCTGCAACACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 1:4380114/140‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 1:2719250/140‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 2:2844552/140‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 1:2553347/140‑1 (MQ=255) gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGAGAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 1:4279766/140‑1 (MQ=255) cgGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACCGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGAGTACAAAAGCTCGCTCGATAATCATCAGTGGCAGCTCACCCGACGTGCCAGCAATTcc > 2:1493619/1‑140 (MQ=255) gCAAAACACGAAAACCC‑AAG‑GTGACGATGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGCTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATATTCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTa < 2:3080998/140‑1 (MQ=255) cAAAACACGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTAc > 1:2410037/1‑140 (MQ=255) aaCACGAAAAACA‑AAG‑GTCACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGt < 2:3621901/140‑1 (MQ=255) cacGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATGAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 2:4776559/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:2655698/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 2:3840442/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:2160128/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:4167398/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:45367/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 1:1086405/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCATTGCCAGCAATACTACTTTTACGGTGa > 2:4539356/1‑140 (MQ=255) cacGAAAAACA‑AAG‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGGCACCCGCCTGGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGa > 2:3404198/1‑140 (MQ=255) gAAAAACA‑AAG‑GTGTCGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATCATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGc < 2:1512637/140‑1 (MQ=255) | ACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACA‑AAG‑G‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT > NZ_CP025268/1146368‑1146639 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |