| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,786,415 | +C | pseudogene (334/4580 nt) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,786,411 | 1 | . | C | 98.9% | 1208.1 / 3.4 | 362 | pseudogene (338/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base C (173/183); total (176/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 386 total aligned reads displayed.
GCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑C‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAA > NZ_CP025268/2786273‑2786543 | gCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑c > 1:4607904/1‑140 (MQ=255) tACCGCCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACACGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑c‑c‑c < 1:4649181/140‑1 (MQ=255) tACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACTCCCTTTATAAACGGCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑c‑c‑c < 1:2832032/140‑1 (MQ=255) accaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑c‑c‑cccgt > 2:425371/1‑137 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATg > 2:4365273/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATg > 1:4059076/1‑140 (MQ=255) aaTGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTTCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGaa < 2:4662637/140‑1 (MQ=255) tGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAAtt < 1:3011134/140‑1 (MQ=255) actATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCTTGAAGCACCGCCCTTATGTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTCTAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGa < 2:4083836/138‑1 (MQ=255) gTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACACGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGCTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCCTGAATTGAc > 2:3708686/1‑140 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACt > 1:516746/1‑140 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACt > 2:4474020/1‑140 (MQ=255) aTTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGc > 2:1813614/1‑140 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 1:1759659/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCa > 2:1435498/1‑140 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCAcc > 1:4911594/1‑140 (MQ=255) aCTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACTTCCTGATTGCCAATCTCGATTGTCGTACCTGTGGACATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGt > 1:1444641/1‑140 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTTAACCACCGCCCTTACTTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTACAAACGTCCTCATTGCCTCTCTCGATTGGCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:4774317/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa > 1:94987/1‑140 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTCCCATTGCTGATACCCCCTTTATACACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTAGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:121099/140‑1 (MQ=255) tccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATgg < 1:2795458/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:2557232/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:4491353/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAACACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:1626066/140‑1 (MQ=255) tctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGt > 1:1687019/1‑140 (MQ=255) tACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtat > 1:1334511/1‑140 (MQ=255) tACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtat > 2:4873516/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:3288725/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 2:1555755/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:2173931/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:1920066/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTTGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 1:3060231/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 2:2061321/1‑140 (MQ=255) gAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGGTAGTCATTTTAAGAACGTGCTGCTTGCCACTCTCGATGGTTGTTCCTGTGGGAATA‑C‑CGCCGGCATAAATTGAATGTATGCCACCGTTAATGGTTGTGTGATTAGc > 2:2807346/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGGCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGTCTGTCTGCGAACGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 2:2926346/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 1:2618077/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 1:3945439/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑c‑c‑cccgt > 1:2725173/1‑93 (MQ=255) gCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTTATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTg < 2:648201/140‑1 (MQ=255) cccTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCcac > 1:3799472/1‑140 (MQ=255) ccTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCcaca < 2:4771149/140‑1 (MQ=255) tAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACaaaa < 2:3035301/140‑1 (MQ=255) gTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAANCNTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGtt < 1:3173105/140‑1 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTTTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTAt > 1:731838/1‑140 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGcc < 1:788922/96‑1 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTAt > 1:3244054/1‑140 (MQ=255) gTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATg < 1:505196/140‑1 (MQ=255) gTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATg > 2:3920589/1‑140 (MQ=255) ttCCCTTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCCCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa < 2:1872437/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 2:2709048/1‑137 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa < 1:1404609/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTAATATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa > 2:3575067/1‑140 (MQ=255) taccatGCTGATACCCCATTTATCCACGTCCTGATTGCCACTCTCGAATGTCGTACATGTCGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTCCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 2:1740924/135‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:2010868/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 2:4943700/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:580104/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:4270716/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 2:3548540/140‑1 (MQ=255) ttGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTcc > 1:227392/1‑140 (MQ=255) tGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCt < 1:2343393/140‑1 (MQ=255) tGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCt < 2:1603284/140‑1 (MQ=255) gCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCta < 1:3402027/140‑1 (MQ=255) gATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTatat > 2:841382/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc > 2:492244/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc > 1:1724968/1‑140 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc > 1:2396203/1‑128 (MQ=255) aCCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 2:2396203/128‑1 (MQ=255) ccccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGa > 2:3904248/1‑140 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCCCAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 2:2669372/1‑140 (MQ=255) ataAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccac < 1:3473646/140‑1 (MQ=255) tacaCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccacc < 2:1213885/137‑1 (MQ=255) aaaCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccacca < 1:2928915/140‑1 (MQ=255) aCGTTCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑CAC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTCCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:43818/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:1018647/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 2:724813/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:2063108/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa > 1:2201518/1‑140 (MQ=255) gTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACACAATTGTTATTACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGAtt > 2:1068314/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCCCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATGATTAGCCTGCCCCACAAAAATGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 1:1648409/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:132428/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 1:4044981/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:2122985/1‑140 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCaa > 1:5000561/1‑140 (MQ=255) tGAGTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGCCTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAAt < 2:571102/140‑1 (MQ=255) gATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATa > 2:4157277/1‑140 (MQ=255) ttGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAg < 1:3691334/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc > 2:3802404/1‑140 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:1954914/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:4170617/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:5100181/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:3244073/140‑1 (MQ=255) cACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 2:944035/140‑1 (MQ=255) cACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 1:3130758/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 2:4830011/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCCTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTACTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:2816846/140‑1 (MQ=255) cGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAccc > 2:3331721/1‑140 (MQ=255) cGTACCTGTGGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAccc < 2:1453451/140‑1 (MQ=255) tgtgGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCAt < 1:4464575/140‑1 (MQ=255) tgGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATgg < 2:4639753/45‑1 (MQ=255) tgGAAATACC‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGa > 2:3134869/1‑140 (MQ=255) | GCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATA‑C‑C‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAA > NZ_CP025268/2786273‑2786543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |