Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 320,615 | (G)6→7 | intergenic (+482/‑44) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 320,609 | 1 | . | G | 95.2% | 599.6 / 22.3 | 191 | intergenic (+476/‑50) | rclR/ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/0); new base G (90/90); total (99/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑T‑‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTC‑ACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAC > NZ_CP025268/320470‑320743 | aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑t > 1:2972767/1‑140 (MQ=255) aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑t > 2:4515482/1‑140 (MQ=255) aTGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑T‑‑‑ggg‑g > 2:4992110/1‑140 (MQ=255) tGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑T‑‑‑ggg‑gg > 1:687041/1‑140 (MQ=255) gCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑T‑‑‑ggg‑gg‑g > 1:570458/1‑140 (MQ=255) agaaagaaAATTAGTTATTGCTTTTGACTTTTGGATGAAAGATTATACTTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GC‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACa < 2:690694/140‑1 (MQ=255) agaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTTACGTTTGGATGAAAGATGATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACa < 1:4653243/140‑1 (MQ=255) aaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATc < 1:2373021/140‑1 (MQ=255) aaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATc < 2:73202/140‑1 (MQ=255) aaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCg < 1:1035878/140‑1 (MQ=255) tAAAATTAGTTATTGCATTGGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCGAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCCGGG‑G‑‑‑GGG‑GG‑GAAACATCggg > 1:4291293/1‑140 (MQ=255) tatttATTGCATTTTACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATAAAAATGAGGGGTGGTATCTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGTTC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATaaa < 2:4842806/137‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCa < 2:852141/140‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCa < 1:2309053/140‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCa < 1:815384/140‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCa < 1:4052285/140‑1 (MQ=255) gCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATg < 2:1829020/140‑1 (MQ=255) gCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CAGAAATGGGCATg < 2:2244741/140‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTaa < 2:3288382/140‑1 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTaa > 1:3766583/1‑139 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTaa > 1:3766805/1‑139 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTaa < 2:3766598/139‑1 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTAAt < 2:877022/140‑1 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATA‑TTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTaa < 2:3765882/138‑1 (MQ=255) 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aTGAGGGGTGGTAGGTTGCTAGCCAAATCAAACAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCTCCCG‑GG‑G‑‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCAGGAAGTAAGGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTTTC‑a > 2:256518/1‑140 (MQ=255) tGAGGGGTGGTCTGTTGCTAGCAAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTTATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAGACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTC‑Ac < 2:2852817/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTC‑Ac < 2:3478366/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTC‑Ac < 2:1050436/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTC‑Ac < 2:2496352/140‑1 (MQ=255) 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cc‑GG‑TG‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTC‑ACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAc > 1:4891929/1‑140 (MQ=255) | AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC‑CCCC‑GG‑T‑‑‑GGG‑GG‑GAAACATCGGG‑CATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTC‑ACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAC > NZ_CP025268/320470‑320743 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |