Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,309,690 | (C)5→6 | intergenic (‑81/+27) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,309,685 | 1 | . | C | 89.5% | 881.9 / 104.2 | 297 | intergenic (‑76/+32) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/19); new base C (112/153); total (124/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309546‑3309817 | tATTACTGCATCCTGCACGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTCACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAg > 1:1221635/1‑140 (MQ=255) ctgcaaccTTCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCCCGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCAGGTTAAAAg‑ccgcc < 2:4492050/134‑1 (MQ=255) ctgcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccc < 1:3896208/137‑1 (MQ=255) ctgcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGCTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccc > 1:2488818/4‑140 (MQ=255) gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccccg > 2:56592/2‑138 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCTCAACGAAACACCAGCGCAAACAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGACGACCACGGTTGAATGAACGTCCAGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccccgccg > 2:1905986/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccccgccg < 2:1114066/140‑6 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccccgccg > 1:403023/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccccgccg > 1:4300812/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccccgccg > 2:4219522/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccccgccg > 1:1523810/1‑135 (MQ=255) cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCg > 1:182346/1‑140 (MQ=255) cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCg < 2:4454384/140‑1 (MQ=255) cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑ccccc > 1:1755927/1‑130 (MQ=255) aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCgg < 1:443479/140‑1 (MQ=255) aGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGa < 2:621975/140‑1 (MQ=255) gTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAggg > 1:2936385/1‑140 (MQ=255) tAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGc > 2:275872/1‑140 (MQ=255) aaGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCa < 2:504714/140‑1 (MQ=255) aaGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGGTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCa > 2:4934855/1‑140 (MQ=255) aGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCaa > 2:4278469/1‑140 (MQ=255) aGTACTGTCGCAACGAAACACCCGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATTAACGTCCAGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGACCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCaa > 2:1977490/1‑140 (MQ=255) tGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAAt > 2:3180198/1‑140 (MQ=255) cTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATgg < 2:3520932/140‑1 (MQ=255) tGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGc < 1:3295616/140‑1 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa > 2:2472778/1‑140 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa < 1:4748995/140‑1 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa > 2:914535/1‑140 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa > 1:2245875/1‑140 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa > 1:1680456/1‑140 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGCTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTCGGTAACAAAGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCCCAGCGGCGGGCAAATGGCaa > 2:2575339/1‑140 (MQ=255) cGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 2:106813/140‑1 (MQ=255) cGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAAGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 2:1799233/140‑1 (MQ=255) cGAAACACCAGCGCAAAAACGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGCCCTGTTCCCGGTTGCTACCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCGTAc < 2:2299934/140‑1 (MQ=255) cGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTAc < 2:3551244/140‑1 (MQ=255) cGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTAc < 2:416526/140‑1 (MQ=255) cGAAACACCAGCGCAAAAAAAGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTGGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTAc < 2:846341/140‑1 (MQ=255) cacCCGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGCCCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACCAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:2279225/140‑1 (MQ=255) cacCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:2318260/140‑1 (MQ=255) cAGCGCAAAAAGGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCGTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCGACCTTACTCGCCCTg > 1:4225325/1‑140 (MQ=255) ttCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCg < 1:4911819/140‑1 (MQ=255) aCTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgct > 1:3715130/1‑140 (MQ=255) tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgctgc > 1:1123096/1‑140 (MQ=255) tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgctgc < 1:3176045/140‑1 (MQ=255) cccTAAGACCACGGTTGGATGAACGGCCTGCTCCCGGATGCCAACAAGGGGAGCCTCCCGGGTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCTGtgctgcc > 2:4829650/1‑139 (MQ=255) cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAACGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgca > 2:2123831/1‑140 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCTGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGTCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:2385997/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:4159269/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:900610/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:689690/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:4191248/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:348693/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:3396931/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:2553423/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:787621/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:1000815/140‑1 (MQ=255) gACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGt < 2:3452263/140‑1 (MQ=255) gACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGt < 1:4373979/140‑1 (MQ=255) gACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGt < 2:2550346/140‑1 (MQ=255) gACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGt < 1:1784983/140‑1 (MQ=255) cACGGTTGCATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGGGTCCTGCCCGGTTAAAGG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGGAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCCTCCGGTGCTGCAGCAGGTTga < 2:2649346/140‑1 (MQ=255) cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTga > 2:2957974/1‑140 (MQ=255) cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTga < 1:1052418/140‑1 (MQ=255) cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTga > 2:2783774/1‑140 (MQ=255) cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga < 2:2612824/140‑1 (MQ=255) cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga < 1:2433525/140‑1 (MQ=255) cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga > 2:1210722/1‑140 (MQ=255) cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgaga > 2:3336758/1‑140 (MQ=255) aatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTc > 1:2633155/1‑140 (MQ=255) gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 1:4960599/140‑1 (MQ=255) gaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCTCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 2:3852044/140‑1 (MQ=255) cGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc < 2:3679868/140‑1 (MQ=255) cGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc < 2:2917087/140‑1 (MQ=255) cGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc < 1:776210/140‑1 (MQ=255) cGTCCTGTTACCGGTTGCTACCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGAGACGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc < 2:3902233/140‑1 (MQ=255) gTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGct > 1:2167065/1‑140 (MQ=255) gTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGct > 1:2669289/1‑140 (MQ=255) gTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGctt > 2:509552/1‑140 (MQ=255) ccTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGcttc > 1:2727922/1‑140 (MQ=255) cTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGt < 1:2397149/133‑1 (MQ=255) gTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCACCCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCttt < 2:4702125/140‑1 (MQ=255) cccGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAAt > 2:1994382/1‑140 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 1:4511892/140‑1 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 2:4082788/140‑1 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 2:2996085/140‑1 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt > 2:172774/1‑140 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 2:2461153/140‑1 (MQ=255) gTTGCTAACCAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCGTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTc > 2:132675/1‑140 (MQ=255) gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 2:2196269/140‑1 (MQ=255) gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 2:1259376/140‑1 (MQ=255) gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 2:157972/140‑1 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc < 2:139668/140‑1 (MQ=255) aCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGa < 1:1996284/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:1330114/140‑1 (MQ=255) gTCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGcc > 2:2804891/1‑140 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc > 2:2711913/1‑140 (MQ=255) cGGTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGAt > 1:3448923/1‑140 (MQ=255) gTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCa < 1:4576240/140‑1 (MQ=255) gTTAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCa < 2:1491541/140‑1 (MQ=255) ttAAAAGCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCaa > 1:5073975/1‑140 (MQ=255) | TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309546‑3309817 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |