Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,509,139 | +C | pseudogene (137/878 nt) | php ← | phosphotriesterase‑related protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,509,136 | 1 | . | C | 96.4% | 1162.6 / 32.4 | 362 | pseudogene (140/878 nt) | php | phosphotriesterase‑related protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/7); new base C (196/150); total (204/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 408 total aligned reads displayed.
CACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑G‑C‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAGGGTGTAACCCGTCGGATCAAAA > NZ_CP025268/3508998‑3509270 | cacaTGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCATGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTacgcac‑g‑c > 2:3951894/1‑140 (MQ=255) cacaTGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTacgcac‑g‑c < 1:1509953/140‑1 (MQ=255) cacaTGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTacgcac‑g‑c > 1:1598731/1‑140 (MQ=255) caccttCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTCATCACCGTTACCGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTCCATCAAGCATCAATTGCGCCTTGCGCCCCCTGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑G‑c‑c‑c < 2:1565844/136‑1 (MQ=255) caTGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGCTAATAACCGGTACAGGCCACCCCGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATCGCGCATTGCGCCCCATGCAACGGTTGGTCATCTCACTCACATTACGCAC‑G‑c‑c‑c < 2:3216811/140‑1 (MQ=255) tGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑G‑c‑c‑ccg < 1:1840187/140‑3 (MQ=255) gTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑G‑c‑c‑ccgg < 2:2104585/140‑4 (MQ=255) tCCGGGAAAAACGCGCCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑G‑c‑c‑ccgggt < 2:4068652/140‑6 (MQ=255) cgTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTc < 2:4744419/140‑1 (MQ=255) gTCCTGGTTATAACCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATGAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGGTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCa < 2:3727151/140‑1 (MQ=255) aaCCGGTACAGGCCACCACGTGGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCACCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATGACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCaa > 2:4228511/1‑140 (MQ=255) aCCGGTACAGTCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCaaa < 2:5020272/140‑1 (MQ=255) aCCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCaaa < 1:3091168/140‑1 (MQ=255) aCCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCaaa > 1:2449377/1‑140 (MQ=255) aCCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCaaa > 1:3330027/1‑140 (MQ=255) aCCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCaaa < 2:4776735/140‑1 (MQ=255) aCCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCaaa > 1:1051267/1‑140 (MQ=255) gTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATGACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CCGCAGGGCGTTCAGCTCGTGGCAAATGaa > 2:3903654/1‑140 (MQ=255) gTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGaa > 2:3312606/1‑140 (MQ=255) gTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGaa > 1:1078136/1‑140 (MQ=255) ttcAGGCCACGACGTTGATCCCCTTCTCGCGCATTACATCAAGCAGAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAATGGTTGGTCATCTCACTCACATTACGCAA‑GCC‑C‑CGGGA‑CATCAGGTCGCTCTTATACTGGCAAATCAAc > 2:2384560/3‑140 (MQ=255) tACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAAc < 1:3000910/140‑1 (MQ=255) tACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAAc > 1:3239268/1‑140 (MQ=255) tACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAAc < 2:1391972/140‑1 (MQ=255) tACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAAc > 1:4038497/1‑140 (MQ=255) gCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATa > 1:2777481/1‑140 (MQ=255) gCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATa < 1:81319/140‑1 (MQ=255) gCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATa < 2:1136253/140‑1 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAGATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGAt > 2:1613987/1‑140 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGAt > 1:3956305/1‑140 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGAt > 2:4878219/1‑140 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGAt > 1:2206228/1‑140 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGAt < 2:410741/140‑1 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGAt > 1:3790002/1‑140 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGAt > 1:2301630/1‑140 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGAt > 1:2870323/1‑140 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGAt > 2:2679922/1‑140 (MQ=255) cacGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACCGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCTGTCATCTCCTTGCAAATGAACGCATACTGAt > 1:899189/1‑140 (MQ=255) gTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCaa < 2:1837110/140‑1 (MQ=255) tGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAgg > 1:3128511/1‑140 (MQ=255) aTCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAggcg > 1:3519721/1‑140 (MQ=255) tCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAggcgg < 2:2898887/140‑1 (MQ=255) tCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAggcgg < 1:1455315/140‑1 (MQ=255) cccGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCa > 1:4906887/1‑140 (MQ=255) cgcATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACgtt > 1:4750474/1‑140 (MQ=255) tACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGtttt < 1:2686294/140‑1 (MQ=255) aTCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTaa < 1:1272179/140‑1 (MQ=255) gCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCACGCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCg > 2:1881672/1‑140 (MQ=255) gCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCg > 2:344654/1‑140 (MQ=255) gCATAAATTACGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCAGATTCCGCAC‑G‑C‑C‑TGGGGGCATCAGGTCGTTCATCTCCTGGAAAATGAAGTCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGGTTTTAAAGCCg > 2:4590206/1‑140 (MQ=255) aTAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTTGTCATCTCAATCACATTACGCACTG‑C‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTAATCTCCTGTCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTAAGTTTAAATCCAga > 2:3027088/1‑140 (MQ=255) aTAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTAAGCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGCACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGga < 2:1690297/140‑1 (MQ=255) aaaTTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGgaga < 2:1854799/140‑1 (MQ=255) aaTTGCGCATTGCGCCCCACGTAACGGCTGGTGATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGAT‑CATCAGGGCGTTCATCTCCTGGCAAAAGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTGCACGTTGTTTTTAAAGCGGgagag > 2:4460203/1‑140 (MQ=255) ttgcgcattgcgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGAt < 1:2046371/140‑1 (MQ=255) gcgcattgcgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCa < 1:4103463/140‑1 (MQ=255) gcgcattgcgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCa < 1:3294624/140‑1 (MQ=255) cgcattgcgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGATCATCTCCTGGCAAACGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCaa > 2:1939375/1‑140 (MQ=255) cattgcgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAata < 1:5014612/140‑1 (MQ=255) cagtgcgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑G‑CTC‑CGGCT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGCCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAata < 2:2749618/137‑1 (MQ=255) tgcgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGc > 2:664652/1‑140 (MQ=255) tgcgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGc > 1:2608049/1‑140 (MQ=255) cgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAg < 1:2417940/140‑1 (MQ=255) cgcCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAg < 1:1691434/140‑1 (MQ=255) ccccATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGAt < 2:2870323/140‑1 (MQ=255) tGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCa > 1:5058617/1‑140 (MQ=255) gTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCAt < 2:709811/140‑1 (MQ=255) ggtgggtgATCGCAGTCACATTACGCAC‑G‑CTC‑CTGGT‑CATCAGGTCGTTCGTCTCCTGGCAATTGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCGACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGGGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCg < 2:3827364/140‑1 (MQ=255) ggTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCg < 2:959794/140‑1 (MQ=255) ggTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCg > 1:1543222/1‑140 (MQ=255) ggTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCg < 1:4338386/140‑1 (MQ=255) ggTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCg < 2:1987066/140‑1 (MQ=255) ggTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCg < 1:1347737/140‑1 (MQ=255) ggTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCg < 2:1191224/140‑1 (MQ=255) ggTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCg > 1:1289802/1‑140 (MQ=255) ggTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑G‑C‑CACGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCAGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCg < 1:1200158/140‑1 (MQ=255) gTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGa > 1:3416067/1‑140 (MQ=255) ttGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGTGCGAg > 1:4552589/1‑140 (MQ=255) ttGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAg > 1:3638365/1‑140 (MQ=255) ttGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAg > 2:3554605/1‑140 (MQ=255) ttGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAg > 1:714722/1‑140 (MQ=255) ttGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAg > 2:793005/1‑140 (MQ=255) ttGGTCAGCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAg > 2:611276/1‑140 (MQ=255) ggTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑TATCAGGTCGTTCATCTCCTTGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAggg > 1:542525/1‑140 (MQ=255) ggTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCTGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAggg > 1:2818309/1‑140 (MQ=255) ggTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAggg > 1:467049/1‑140 (MQ=255) ggTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAggg > 1:4199475/1‑140 (MQ=255) ggTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAggg > 1:4489368/1‑140 (MQ=255) ggTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAggg > 1:4885007/1‑140 (MQ=255) ggTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAggg > 2:1047596/1‑140 (MQ=255) ggTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCCCATGGGCGAggg > 2:245910/1‑140 (MQ=255) gTCATCTCAATCACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAGGgt > 1:4242751/1‑140 (MQ=255) ctcAATTACATTACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CACTAGGTCGTTGATCTGCTTGCATATGAACGCTTACTTATCAAGGCGGCAGGCTACGTTGTTTTTAAAGCCGGAAAGATCAATATGTAGAGGCTCATGGGCGAGGGGGTAAc > 2:1433869/1‑140 (MQ=255) ttACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAGGGTGTAACCCGTCGGATc < 1:1178549/140‑1 (MQ=255) ttACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAGGGTGTAACCCGTCGGATc < 1:2386103/140‑1 (MQ=255) ttACGCAC‑GCC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAGGGTGTAACCCGTCGGATc > 2:2283763/1‑140 (MQ=255) ttACGCAC‑GAC‑C‑AGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGCTAAATACGCAGATGCTCATGGGCGAGGCGGTTACCCGTCGGagc > 2:3587707/1‑138 (MQ=255) acgcac‑gcC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAGGGTGTAACCCGTCGGATCaa < 1:1960267/140‑1 (MQ=255) acgcac‑gcC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAGGGTGTAACCCGTCGGATCaa < 2:2581341/140‑1 (MQ=255) acgcac‑gcC‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTAGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAGGGTGTAACCCGTCGGATCaa < 2:4308695/140‑1 (MQ=255) | CACATGTTCCGGGAAAAACGCGTCCTGGTAATAACCGGTACAGGCCACCACGTTGATCCCCGTCTCGCGCATTACATCAAGCATAAATTGCGCATTGCGCCCCATGTAACGGTTGGTCATCTCAATCACATTACGCAC‑G‑C‑C‑CGGGT‑CATCAGGTCGTTCATCTCCTGGCAAATGAACGCATACTGATCAAGGCGGCAGTCCACGTTGTTTTTAAAGCCGGAGAGATCAATATGCAGATGCTCATGGGCGAGGGTGTAACCCGTCGGATCAAAA > NZ_CP025268/3508998‑3509270 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |