| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP025268 | = 3743324 | 0 (0.000) | 149 (0.510) | 66/274 | 1.1 | 100% | intergenic (‑100/‑82) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
| ? | NZ_CP025268 | 3744556 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/‑99) | galK/yiaK | galactokinase/3‑dehydro‑L‑gulonate 2‑dehydrogenase | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑A‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAAACACAATCTCTGTTTGCCAACGCATTTGGCTACCCTGCC > NZ_CP025268/3743188‑3743462 | tctcGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCag > 1:2955368‑M1/1‑138 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:4010759‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:1897379‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:3786616‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:4278471‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCGTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:1325355‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCAATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:2004775‑M1/140‑9 (MQ=255) ctctTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcct < 1:1155665‑M1/140‑10 (MQ=255) ctctTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcct < 1:2441791‑M1/140‑10 (MQ=255) ttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaa > 1:4604522‑M1/1‑123 (MQ=255) cccATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaag < 2:4626246‑M1/140‑20 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga < 2:243805‑M1/140‑23 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga > 1:4998032‑M1/1‑118 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATACC‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:1137701‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:1249182‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:1723183‑M1/140‑24 (MQ=255) tttCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatata > 2:3652474‑M1/1‑110 (MQ=255) cccATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttg > 2:596007‑M1/1‑106 (MQ=255) aTTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaa > 1:573562‑M1/1‑103 (MQ=255) tGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattg < 1:4810570‑M1/140‑55 (MQ=255) tAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaa > 1:191651‑M1/1‑83 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 2:2758963‑M1/1‑82 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATCTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 1:1228904‑M1/1‑82 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatt > 1:4263155‑M1/1‑81 (MQ=255) cAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatttta < 1:1754959‑M1/140‑63 (MQ=255) aaaGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaa > 2:4947064‑M1/1‑77 (MQ=255) aaaGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaa > 1:1963141‑M1/1‑77 (MQ=255) tgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagcgaaa > 2:2680940‑M1/1‑71 (MQ=255) tgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattctaagccaaa > 2:1582936‑M1/1‑71 (MQ=255) tgCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGAGTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaa > 2:1515215‑M1/1‑71 (MQ=255) gCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaa > 1:355278‑M1/1‑70 (MQ=255) aGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcg < 2:1853022‑M1/140‑76 (MQ=255) gTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcga > 2:641213‑M1/1‑64 (MQ=255) ttCACGATCTCGCCAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatgttaagccaaaaaagcgat > 2:1446434‑M1/1‑63 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgat > 1:4485326‑M1/1‑63 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgat > 2:4481505‑M1/1‑63 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgat > 2:1446433‑M1/1‑63 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgat > 1:3588671‑M1/1‑63 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgat > 1:2387545‑M1/1‑63 (MQ=255) ttCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgat > 2:2877732‑M1/1‑63 (MQ=255) cACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatca > 1:3416601‑M1/1‑61 (MQ=255) 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atcaatcagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcct > 1:4075483‑M1/1‑7 (MQ=255) tcagattgccttgttacaaagttatcgttatctttgaaatcaaatctcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcaatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacattttagcagttaaaagcagcctttaat < 2:415492‑M1/140‑139 (MQ=255) tcagattgccttgttaaaaagtgttcgatatatttgacatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgtgatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcctttaat < 2:1965443‑M1/140‑139 (MQ=255) tcagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcctttaat > 2:3444602‑M1/1‑2 (MQ=255) tcagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcctttaat < 1:3669773‑M1/140‑139 (MQ=255) tcagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcctttaat < 1:3414294‑M1/140‑139 (MQ=255) | TCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑A‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAAACACAATCTCTGTTTGCCAACGCATTTGGCTACCCTGCC > NZ_CP025268/3743188‑3743462 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |