BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NZ_CP025268	521,513	C→T	A683V (GCG→GTG)	ybbP →	ABC transporter permease

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NZ_CP025268	521,513	0	C	T	99.6%	918.4 / NA	252	A683V (GCG→GTG)	ybbP	ABC transporter permease
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (89/161); total (91/161)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 252 total aligned reads displayed.

AGTTTCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACGTT  >  NZ_CP025268/521377‑521648

aGTTTCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGAt                                                                                                                                      >  2:1496689/1‑140 (MQ=255)

aGTTTCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGAt                                                                                                                                      <  1:1201507/140‑1 (MQ=255)

  tttCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGAtgg                                                                                                                                    <  1:2127917/140‑1 (MQ=255)

   ttCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGAtggt                                                                                                                                   >  2:3150696/1‑140 (MQ=255)

   ttCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGAtggt                                                                                                                                   >  1:4150246/1‑140 (MQ=255)

      cGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATggtggt                                                                                                                                <  2:2401382/140‑1 (MQ=255)

               aaTGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCAc                                                                                                                       >  1:2090241/1‑140 (MQ=255)

                     aaCGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTg                                                                                                                 <  1:511319/140‑1 (MQ=255)

                     aaCGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTg                                                                                                                 <  1:5054758/140‑1 (MQ=255)

                     aaCGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTg                                                                                                                 <  1:1717598/140‑1 (MQ=255)

                     aaCGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTg                                                                                                                 <  1:2894454/140‑1 (MQ=255)

                     aaCGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGCTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTg                                                                                                                 <  2:3644927/140‑1 (MQ=255)

                      aCGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGc                                                                                                                >  2:1913986/1‑140 (MQ=255)

                      aCGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGc                                                                                                                >  2:2383587/1‑140 (MQ=255)

                       cGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCg                                                                                                               <  1:2382428/140‑1 (MQ=255)

                         gCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGt                                                                                                             >  2:28569/1‑140 (MQ=255)

                          cATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTa                                                                                                            <  1:2427000/140‑1 (MQ=255)

                          cATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTa                                                                                                            <  2:1984125/140‑1 (MQ=255)

                           aTGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAt                                                                                                           <  1:4569527/140‑1 (MQ=255)

                            tGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtg                                                                                                          >  1:3896392/1‑140 (MQ=255)

                                gACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgc                                                                                                      <  1:39451/140‑1 (MQ=255)

                                 acacAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGGGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTTCTGATCACCGCCTGCGGTAtgttgct                                                                                                     >  2:4009316/1‑140 (MQ=255)

                                 acacAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACATGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgct                                                                                                     <  2:4611693/140‑1 (MQ=255)

                                 aaacaACTCAACCGCCAGTTCCCGACCCTTAGCCTGTTAGAGATGGGAGCGAGTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGAGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgct                                                                                                     <  1:1019279/138‑1 (MQ=255)

                                   acaACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAAGAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTAtgttgctgt                                                                                                   >  1:4402876/1‑140 (MQ=255)

                                       cTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATgttgctgttgct                                                                                               >  2:1665183/1‑140 (MQ=255)

                                       cTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATCGGGGTACTGGGCGCCGCCGGCGGTATgttgctgttgct                                                                                               <  2:2269731/140‑1 (MQ=255)

                                        tCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGttgctgttgctg                                                                                              >  1:226575/1‑140 (MQ=255)

                                        tCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGttgctgttgctg                                                                                              >  1:2220331/1‑140 (MQ=255)

                                         cAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTgg                                                                                             <  1:488588/140‑1 (MQ=255)

                                           aCCGCCAGTTCCCGACCATTATCCTGTTAGATATTGGCGCGAGTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGCGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGca                                                                                           <  2:384796/140‑1 (MQ=255)

                                           aCCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGca                                                                                           >  1:3674937/1‑140 (MQ=255)

                                           aCCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGca                                                                                           <  1:4297503/140‑1 (MQ=255)

                                            ccGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGcac                                                                                          <  1:1086685/140‑1 (MQ=255)

                                            ccGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGcac                                                                                          <  2:3671639/140‑1 (MQ=255)

                                               ccAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcagg                                                                                       >  2:725410/1‑140 (MQ=255)

                                                cAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggt                                                                                      <  1:3990297/140‑1 (MQ=255)

                                                 aGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCCGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGGGGTACTGGGTGTCGCCGGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtg                                                                                     <  2:3487953/140‑1 (MQ=255)

                                                 aGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtg                                                                                     <  1:1387997/140‑1 (MQ=255)

                                                 aGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtg                                                                                     <  1:543193/140‑1 (MQ=255)

                                                  gTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtgc                                                                                    <  1:1325404/140‑1 (MQ=255)

                                                   ttCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCCGGCAcaggtgca                                                                                   <  2:5031311/140‑1 (MQ=255)

                                                      ccGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCAcaggtgcaggt                                                                                <  1:3166677/140‑1 (MQ=255)

                                                          ccATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGCGCAGGTAAGTCGGGCGCTGAAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCCGGTGGGa                                                                            <  2:3911868/140‑1 (MQ=255)

                                                          ccATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGa                                                                            <  2:654630/140‑1 (MQ=255)

                                                          ccATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGa                                                                            <  1:3081021/140‑1 (MQ=255)

                                                             ttAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATg                                                                         >  2:3207752/1‑140 (MQ=255)

                                                                  cTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATgcgtca                                                                    <  1:526487/140‑1 (MQ=255)

                                                                    gTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATgcgtcagc                                                                  <  1:4717247/140‑1 (MQ=255)

                                                                    gTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATgcgtcagc                                                                  <  2:4422291/140‑1 (MQ=255)

                                                                     ttAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATgcgtcagcg                                                                 >  2:906360/1‑140 (MQ=255)

                                                                           tttGGCGCGACTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGGGGTACTGGTCACGGCCTGCGGTATGGTGGTGTTGCTGGCACAGGTGCTGGTGGGAATGCGTCAGCGtcatca                                                           <  2:4733635/139‑1 (MQ=255)

                                                                             tGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAgg                                                         >  2:1489379/1‑140 (MQ=255)

                                                                              ggCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGa                                                        <  2:2638163/140‑1 (MQ=255)

                                                                               gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAg                                                       >  2:1138134/1‑140 (MQ=255)

                                                                               gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAg                                                       >  1:2980868/1‑140 (MQ=255)

                                                                               gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAg                                                       >  1:3503304/1‑140 (MQ=255)

                                                                               gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAg                                                       >  2:350705/1‑140 (MQ=255)

                                                                               gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAg                                                       >  1:4275120/1‑140 (MQ=255)

                                                                               gcgcGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAg                                                       >  1:852273/1‑140 (MQ=255)

                                                                                ggcgATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATTGTGGTACTGGTCACCGCCTGAGGTATGTTGCTGTTCCTGGCACAGGGCCCGGGGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGc                                                      <  2:736233/139‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTggtggt                                               <  1:2754387/140‑1 (MQ=255)

                                                                                        tAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGGTGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGgtggtg                                              <  2:3074694/140‑1 (MQ=255)

                                                                                        tAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGgtggtg                                              <  2:220646/140‑1 (MQ=255)

                                                                                             cAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGgcg                                         <  1:4821815/140‑1 (MQ=255)

                                                                                               ggtctgtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGGAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTTGTGGTGTGGCGca                                       >  2:491807/1‑140 (MQ=255)

                                                                                               ggtcggtcAGGTGCTGGCGCATGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTGGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGTTTGTGTGGCGca                                       >  1:993854/1‑140 (MQ=255)

                                                                                               ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTGTGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCAGCATGAGCTGGGGGGGTGGCGca                                       >  2:4300726/1‑140 (MQ=255)

                                                                                               ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGca                                       >  2:2267933/1‑140 (MQ=255)

                                                                                               ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGca                                       >  1:2606644/1‑140 (MQ=255)

                                                                                               ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGca                                       >  2:163323/1‑140 (MQ=255)

                                                                                               ggtcggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGGGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGGGGTGTGGCGca                                       >  2:1368456/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                   ggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGTCTGCTGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGGCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACt                                   <  2:210477/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                   ggtcAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACt                                   <  2:1943476/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                               gAGCAGGTAAGTCGGGCGCGGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGGCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACGCTCGGTGCGGGGaa                       >  1:3380430/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                   aGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGgtggtg                                              <  1:4214664/113‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   aGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGgtggtg                                              >  2:4214664/1‑113 (MQ=255)

                                                                                                                   aGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGaaaaaa                   >  1:600346/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                    ggTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAAc                  >  1:1880378/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                    ggTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAAc                  >  2:5094583/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                    ggTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGGCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAAc                  >  1:1518245/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                    ggTAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGGGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACAGTCGGTGCGGGGGAAAAAc                  >  1:1563654/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                      tAAGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActg                <  1:2973083/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        aGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCGCCGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct              <  2:4507294/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        aGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGTGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct              <  2:4849235/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        aGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct              <  1:1449275/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        aGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct              <  2:1313759/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        aGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct              <  1:3858755/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        aGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct              <  1:564218/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        aGTCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAActgct              <  1:658704/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          tCGGGCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACtgctgc            <  2:2513672/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             ggCGCTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTa         <  2:1106982/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                              gcgcTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTAc        >  1:2546673/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                               cgcTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGc                             <  1:821302/118‑1 (MQ=255)

                                                                                                                               cgcTGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGc                             >  2:821302/1‑118 (MQ=255)

                                                                                                                                  tGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACg    <  2:3978788/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                  tGGAAGTGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACg    <  2:3289766/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   ggAAGTGCTGGTGGTACTGGGCACCGCCTGCGGGATGTTGCTGTGGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACGt   <  2:3327955/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   ggAAGTGATGGTGGTCCTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACGt   <  2:180326/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                    gAAGTGATGGTGGTACTCGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACGtt  <  2:3558489/140‑1 (MQ=255)

AGTTTCCGCTGGGAGAATGGCAACGGCATGTTGACACAACTCAACCGCCAGTTCCCGACCATTAGCCTGTTAGATATTGGCGCGATTTTAAAACAGGTCGGTCAGGTGCTGGAGCAGGTAAGTCGGGCGCTGGAAGCGATGGTGGTACTGGTCACCGCCTGCGGTATGTTGCTGTTGCTGGCACAGGTGCAGGTGGGAATGCGTCAGCGTCATCAGGAGCTGGTGGTGTGGCGCACACTCGGTGCGGGGAAAAAACTGCTGCGTACCACGTT  >  NZ_CP025268/521377‑521648

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`