Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 663,151 | T→C | *363* (TAA→TAG) | rlpA ← | endolytic peptidoglycan transglycosylase RlpA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 663,151 | 0 | T | C | 99.4% | 1059.2 / NA | 317 | *363* (TAA→TAG) | rlpA | endolytic peptidoglycan transglycosylase RlpA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (184/131); minor base A (1/1); total (185/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
TCTGAACTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGTTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGAC > NZ_CP025268/663015‑663284 | cTGAACTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGGCTGCTTTACGCTACt > 1:500135/1‑140 (MQ=255) tGAACTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTg < 1:1213829/140‑1 (MQ=255) gAACTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTgc > 1:4886432/1‑140 (MQ=255) aaatACGATATCCGTGATCTAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCCGCAGCCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCACTTACAGAAATTTACACATCGGATGCCCGCTTTACGCTACTgcg < 2:4278188/137‑1 (MQ=255) aaCTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCCAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTgcg < 1:3870180/140‑1 (MQ=255) aaCTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGATACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTgcg < 1:2757375/140‑1 (MQ=255) aaCTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTgcg < 2:2689853/140‑1 (MQ=255) aaCTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTgcg < 2:3249803/140‑1 (MQ=255) aaCTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTgcg > 1:3530825/1‑140 (MQ=255) aaCTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTgcg < 1:1716620/140‑1 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cGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGgta > 1:2627839/1‑140 (MQ=255) gACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGgtag < 2:3681238/140‑1 (MQ=255) tCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGtaat > 2:1876437/1‑140 (MQ=255) tCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGtaat > 1:791805/1‑140 (MQ=255) tCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGtaat > 1:2291333/1‑140 (MQ=255) tCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGtaat > 2:447413/1‑140 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tactaTAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGttt < 1:1681860/140‑1 (MQ=255) taGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCaaa < 1:1272910/140‑1 (MQ=255) taGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCaaa < 1:2373596/140‑1 (MQ=255) gCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACg > 2:3443091/1‑140 (MQ=255) cAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAAt < 1:4209631/110‑1 (MQ=255) aaTGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTATTTGGGCGTCGGTTTGCAAACGTtg > 1:2465250/1‑140 (MQ=255) 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1:3629956/1‑140 (MQ=255) tGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACcgcg < 2:1672316/140‑1 (MQ=255) tGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACcgcg < 1:1090130/140‑1 (MQ=255) tGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACcgcg < 2:3125064/140‑1 (MQ=255) tGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACcgcg < 1:3452984/140‑1 (MQ=255) tGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAACTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACcgcg < 1:1605482/140‑1 (MQ=255) cTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTAcg < 2:2396466/140‑1 (MQ=255) tGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAACTGACTGTACTTGGGCTTCGGTTTGCCAACGGTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGTATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTAcgc > 2:2579219/1‑140 (MQ=255) tGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTAcgc > 2:4681439/1‑140 (MQ=255) tGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTAcgc > 2:734192/1‑140 (MQ=255) tGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTAcgc > 1:2044647/1‑140 (MQ=255) | TCTGAACTACGACATCCGTGATGGAATTAAAAAAGTGCCCTACTATAGCAAATGCACTACCGGCAGGCATCTGACTTTCCGCGTGACTTTGTTAACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGTTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGAC > NZ_CP025268/663015‑663284 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |