Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 95,839 | A→G | *453* (TAA→TAG) I3V (ATT→GTT) |
murF → mraY → |
UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 95,839 | 0 | A | G | 99.7% | 1195.0 / NA | 354 | *453* (TAA→TAG) I3V (ATT→GTT) | murF mraY | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (203/150); total (203/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
TGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAATTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATT > NZ_CP025268/95704‑95974 | tAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggct > 2:4878062/1‑140 (MQ=255) cTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCg < 2:4580807/140‑1 (MQ=255) gTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACa > 1:4245601/1‑140 (MQ=255) gTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTGTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTGTGGCTGGCCGAACa > 2:3270945/1‑140 (MQ=255) tAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACAtt < 1:4904894/140‑1 (MQ=255) tAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACAtt < 2:1185553/140‑1 (MQ=255) acgactCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGCTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTACTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 2:4997980/135‑1 (MQ=255) aCGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 1:3417737/140‑1 (MQ=255) aCGCGTCTTAAATTACTGACTGCTGAGCAACAGGTCATGACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGGGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGAGATGTTAGTCTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 2:2595334/140‑1 (MQ=255) aCGCGGCTTAAATTGCTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 1:3600778/140‑1 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tCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGc > 2:4456978/1‑140 (MQ=255) cACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGcc > 1:3034590/1‑140 (MQ=255) cACGTAGTGCAGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACCGGAGAATTGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTTTTTTCTTATCTGTCGTTTTGCGCCATGATCAGcg > 2:1303363/1‑139 (MQ=255) gTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGa < 1:4819373/140‑1 (MQ=255) gTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGa < 1:2538411/140‑1 (MQ=255) gccgccATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGAcc > 1:675656/1‑140 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tGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGAt > 1:2434772/1‑140 (MQ=255) tGGGACAGGTTAGTTTGGCGGGCCGAACAGTTGGTCAAATATTATTCCGGCTGTGACGTCGTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCATCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGAGGGGCCCGCGTATGAt > 2:3234459/1‑140 (MQ=255) ggACATGGTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGACGTGAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTAGTGCCATCGTCAGCCTGCTGGCCGCGCTGATCATCTCATTGTATATGGGCCCGCGGATGACTg > 2:4042712/1‑140 (MQ=255) aTGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCa < 1:3847823/140‑1 (MQ=255) gTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCAtt > 2:3482490/1‑140 (MQ=255) gTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCAtt > 2:80168/1‑140 (MQ=255) gTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCAtt > 1:1290620/1‑140 (MQ=255) gTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCAtt > 2:4493685/1‑140 (MQ=255) gTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCAtt > 2:2968772/1‑140 (MQ=255) gTTAGTTTCGCTGGCCGGACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCGTTAACGTCTTGTCCTATCTGACGTTTCGCTCCATCGTCAGCCTGCCGACCGCGCGGTTCATCTTATTATGGATGGGCGTGGGGGTGATTTCTCAtt > 2:907236/1‑140 (MQ=255) | TGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAATTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATT > NZ_CP025268/95704‑95974 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |