| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,211,261 | A→G | K54E (AAG→GAG) | CXP41_RS06340 → | DUF4222 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 1,211,261 | 0 | A | G | 99.8% | 1422.3 / NA | 420 | K54E (AAG→GAG) | CXP41_RS06340 | DUF4222 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (185/233); total (186/234) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 420 total aligned reads displayed.
AAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAAAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATC > NZ_CP025268/1211126‑1211395 | aaaGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggt < 2:3875915/140‑1 (MQ=255) aGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggtcg < 1:77077/140‑1 (MQ=255) aCTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCAt > 1:1630566/1‑140 (MQ=255) aCTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCAt > 2:377348/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cccGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGAt > 1:625141/1‑140 (MQ=255) cGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGAttt < 2:1351711/140‑1 (MQ=255) cTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGGCATGAGCACTAAATTAACCGGCTAGGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGGTATCGAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCa > 1:2410354/1‑140 (MQ=255) tCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAg > 1:4063492/1‑140 (MQ=255) tCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAg > 1:1665211/1‑140 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 1:2040020/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 2:2888678/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 1:1004639/140‑1 (MQ=255) tcgtAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGgt < 2:4517408/140‑1 (MQ=255) tcgtAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGgt < 1:2990136/140‑1 (MQ=255) tcgtAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGgt < 1:1983025/140‑1 (MQ=255) tcgtAAATTCAGGCAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAATCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAACTTATCCAGCGTGGCAATAATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGgt < 2:4406970/140‑1 (MQ=255) tcgtAAATTAAGGGAAATAGACGTCGGTCATGAGCACTAAATTATCCGGCTATGTGTGGGCTGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCAATCGTGGCAATTATTGCCCGCATGGCGGATTTCAGTAATGACGAAGgt < 2:4043974/140‑1 (MQ=255) ggAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCa < 1:3790892/140‑1 (MQ=255) gAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCAt < 1:1564176/140‑1 (MQ=255) | AAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAAAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATC > NZ_CP025268/1211126‑1211395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |