| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,661,562 | A→G | *187* (TAA→TAG) | speG → | spermidine N1‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,661,562 | 0 | A | G | 99.4% | 1016.2 / NA | 311 | *187* (TAA→TAG) | speG | spermidine N1‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (144/163); total (145/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAACATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACA > NZ_CP025268/1661425‑1661694 | gTTGAGTGTTAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATTGTCAATATCGTAATGCCATTCGCTTGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCATAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCa < 2:4610574/140‑1 (MQ=255)gTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCAATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCCGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCa < 2:1156897/140‑1 (MQ=255) tGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATCCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCAtt < 2:4093134/140‑1 (MQ=255) aaGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTAGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATtaa < 1:1984033/140‑1 (MQ=255) 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1:1841003/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 2:155600/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 2:4014496/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 1:3597792/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 2:333073/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 2:2609354/1‑140 (MQ=255) 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GTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAACATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACA > NZ_CP025268/1661425‑1661694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |