| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,688,842 | A→G | D381G (GAT→GGT) | rstB → | two‑component system sensor histidine kinase RstB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,688,842 | 0 | A | G | 98.6% | 937.5 / ‑2.2 | 292 | D381G (GAT→GGT) | rstB | two‑component system sensor histidine kinase RstB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base G (105/180); total (107/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
CCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAA > NZ_CP025268/1688705‑1688977 | ccATTCAACGGTTGAAACCAGCCTTCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTc > 1:3159756/1‑140 (MQ=255) ttCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCt > 1:4748385/1‑140 (MQ=255) aaCCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCt < 1:4026195/140‑1 (MQ=255) aCCAGCTTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCCACATTTATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTGTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCACCCGGCGGCTg < 2:4972897/140‑1 (MQ=255) aCCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTg < 2:4144860/140‑1 (MQ=255) aCCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTg > 1:947959/1‑140 (MQ=255) aCCAGCCTGCTACTGCCGGGGAATATAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCATGGATTGCCCCAGAAAACCGCTAACATATCTTTGAACCTTGTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTg < 2:1384414/140‑1 (MQ=255) ccTGCTACAGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCAGCGGCTGCgggc > 2:3602808/1‑140 (MQ=255) catGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCgggc < 2:4997420/138‑1 (MQ=255) cTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCgggctggg < 2:2392089/140‑1 (MQ=255) cTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCgggctggggct < 1:736708/140‑1 (MQ=255) tCGGGGAATAGCGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACTGCGAACATATCTTTTAACCGTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGc > 2:186811/1‑140 (MQ=255) cGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCa < 2:4795047/140‑1 (MQ=255) agagagCGCCATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTc < 2:229198/138‑1 (MQ=255) aTAGATCGACATTAATTGTTGAGGATGACGGCCCAGGGAATGCCCTAGAAATCCGCGAACATATCTTTGAACCTTTCGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAGCCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTc < 2:926603/140‑1 (MQ=255) aTAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCTAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCTGCCGGGATCGCTCACCCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTc < 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(MQ=255) ccGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAAc < 2:2679085/140‑1 (MQ=255) cgAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCGGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTgg > 1:4903659/1‑140 (MQ=255) aCATATCTTTGAACCTTTTGTTAGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGggtg > 1:3537747/1‑140 (MQ=255) tCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGcc < 1:2460581/140‑1 (MQ=255) ttGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGCCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGCGTGGTGCCCGc > 2:3036950/1‑140 (MQ=255) aCCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTtct > 1:23384/1‑140 (MQ=255) tttGTTCGCCTCGATCGCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCACTTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTACTTGTGACCCCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGtt > 1:3188748/1‑140 (MQ=255) tttGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGtt > 2:1585739/1‑140 (MQ=255) gCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTgg > 1:1779380/1‑140 (MQ=255) gCCTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTgg > 1:3761181/1‑140 (MQ=255) ccTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGc > 2:1789873/1‑140 (MQ=255) ccTCGATCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGc < 1:525048/140‑1 (MQ=255) aTCCCAGTCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTa < 2:592851/140‑1 (MQ=255) aTCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGTTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTa < 2:2073488/140‑1 (MQ=255) aTCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTa < 1:1019140/140‑1 (MQ=255) aTCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTa < 1:1267893/140‑1 (MQ=255) aTCCCAGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTa < 1:4171795/140‑1 (MQ=255) aGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCa < 2:3167245/140‑1 (MQ=255) aGCCGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCa > 2:2016212/1‑140 (MQ=255) cGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATaa < 2:507806/140‑1 (MQ=255) cGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATaa < 2:4350849/140‑1 (MQ=255) cGGGGTCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATaa < 1:3093629/140‑1 (MQ=255) | CCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAA > NZ_CP025268/1688705‑1688977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |