| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,804,700 | C→T | K39K (AAG→AAA) | rpmI ← | 50S ribosomal protein L35 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,804,700 | 0 | C | T | 99.2% | 838.7 / NA | 246 | K39K (AAG→AAA) | rpmI | 50S ribosomal protein L35 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (162/82); minor base G (2/0); total (164/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCG > NZ_CP025268/1804568‑1804835 | ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 2:2149651/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 2:3990604/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 2:4633062/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTGTGGTCGCttt > 2:5000327/1‑140 (MQ=255) 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atTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAAtgtg > 2:1355130/1‑140 (MQ=255) atTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAAtgtg > 1:173009/1‑140 (MQ=255) cTAATTAAAAAGTTAAAAAGGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGTCACGCGAGTACCAGGACCAGAGCGCCTTTGGAAAGCATGGCTTTCGGACGGAGGTGACGGTTAGGGTTGGTCGCTTGTTTGGTCAGAAGGTGAcc > 2:658270/1‑139 (MQ=255) cTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACg > 2:2757484/1‑140 (MQ=255) cTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACg > 2:3216197/1‑140 (MQ=255) cTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACg < 2:4930938/140‑1 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cATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAAttt > 2:4388335/1‑140 (MQ=255) tCGGACGCAGGTAACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTCTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCAtt < 1:4354110/140‑1 (MQ=255) cGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCAttt > 1:1029683/1‑140 (MQ=255) cGCAGGTGACGTTTATGTTTGGTCGCTTTTTTGATGAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCCCCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaat < 2:1625725/140‑1 (MQ=255) cGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaat < 1:2678848/140‑1 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTTTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCg > 1:1580753/1‑140 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCg < 1:2226713/140‑1 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCg > 1:2473704/1‑140 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCg > 2:3608022/1‑140 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCg > 2:885568/1‑140 (MQ=255) | TGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCG > NZ_CP025268/1804568‑1804835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |