Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,867,819 | C→T | R78R (CGC→CGT) | gapA → | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,867,819 | 0 | C | T | 99.7% | 1215.9 / NA | 326 | R78R (CGC→CGT) | gapA | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (168/155); total (169/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
CCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGCGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTCTA > NZ_CP025268/1867687‑1867955 | ccTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGCCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCgg < 1:1000234/140‑1 (MQ=255) gTTATACGCTGATTACATGGCATACATGCTTAAATATGACTTCACTCACGGCCGTTTCGTCGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTATAAAAATCCGTGTTATCGCTGAACGTGATCCGGCTa > 2:2151214/1‑140 (MQ=255) gTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTa > 2:4277091/1‑140 (MQ=255) ttcaTTACATGGCACAAATGCTGAAATATGACTCCACTCAACACAATTCCGACGGTACCGATGAAGTAAAAGACGGTCATCTGATCGTCACCGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGACCCGGCTAACCTGaaa < 2:1606835/137‑1 (MQ=255) 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1:4283759/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 1:3489777/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 1:3418538/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 1:3353933/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 1:2772033/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 1:1069904/140‑1 (MQ=255) gAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGTCGAAACTACTCGTAAACACATAACCGCTGGTGCGAAGAGAGTGTTGATTACTTGTCCgac > 2:2200881/1‑138 (MQ=255) aaCGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGTTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTCt > 1:3916967/1‑140 (MQ=255) aaCGTGATCCGGATAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAACCACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTCt < 1:4349966/140‑1 (MQ=255) | CCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGCGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTCTA > NZ_CP025268/1867687‑1867955 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |