Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 2,016,740 | T→C | *105* (TAA→TAG) | fliE ← | flagellar hook‑basal body complex protein FliE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,016,740 | 0 | T | C | 99.2% | 802.5 / NA | 241 | *105* (TAA→TAG) | fliE | flagellar hook‑basal body complex protein FliE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (167/72); minor base G (2/0); total (169/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
GTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCACCGAGA > NZ_CP025268/2016603‑2016875 | gTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTa < 2:1977730/140‑1 (MQ=255) gTTATCGCGTATAAGGATCGTGGATGGCAGAAACCGTTCACGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCACATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTa < 2:3478754/140‑1 (MQ=255) ttATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTac > 1:4704905/1‑140 (MQ=255) ttATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTac > 1:2242780/1‑140 (MQ=255) ttATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATGTTAAACCAGAAATTGAGTGAGGTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTac > 2:257136/1‑140 (MQ=255) ttATCGCATATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGGTCAGGAATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTGATTAACAACAGGTTACAAAACCTac > 2:2819486/1‑140 (MQ=255) ctATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCCGGTATCCATGTTAAACCAGAAGTTAAGTGAGTCTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCAGATGTAGTTAACAACAGGTTACAAAACCTac > 2:3306196/2‑140 (MQ=255) aTCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGACATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTacac > 1:3723545/1‑140 (MQ=255) aTCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGATACAAAACGTacac > 2:2213205/1‑140 (MQ=255) gcgTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGGATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTg > 1:3486184/1‑140 (MQ=255) cgTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCGGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGc < 1:2602571/140‑1 (MQ=255) cgTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGc < 1:1009137/140‑1 (MQ=255) cgTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGc < 2:2701004/140‑1 (MQ=255) aataCGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCGGGGATCCATTTTAAACCAGAAATCGAGTGAGTTTGCCCCATCCAGGCCCCAGGCGGTGAGCTGGGATGTAACTAGCAACAGGCTACCAAAGCTACACCTGCAt > 2:4232780/2‑140 (MQ=255) gATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAATACCTACACCTGCATGCtcat < 1:5096489/140‑1 (MQ=255) aTCGTGTATGGCAGAACACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAACACCTACACCTGCATGCtcatc > 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gTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACt > 1:1553288/1‑140 (MQ=255) tGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACtt > 1:92717/1‑140 (MQ=255) gCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATg < 1:4279325/124‑1 (MQ=255) gCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATg > 2:4279325/1‑124 (MQ=255) aGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAACCCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATAc > 2:1597249/1‑140 (MQ=255) aaaaCGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATAcgc < 2:702925/140‑1 (MQ=255) 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aCCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATccc > 2:4921077/1‑140 (MQ=255) gAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCtcat < 2:4988267/91‑1 (MQ=255) aaaTTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCAttt > 1:1979328/1‑140 (MQ=255) agtgagtTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAg > 1:4716449/1‑140 (MQ=255) agtTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAAc > 1:1521230/1‑140 (MQ=255) agtTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAAc > 1:2747086/1‑140 (MQ=255) 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1:1319534/140‑1 (MQ=255) cGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATAcg > 1:4826635/1‑61 (MQ=255) gATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTa > 2:3148940/1‑140 (MQ=255) gATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTa > 1:3486652/1‑140 (MQ=255) tGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCtcat < 2:4810936/43‑1 (MQ=255) tGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCtcat > 1:4810936/1‑43 (MQ=255) tGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAac > 1:3032861/1‑140 (MQ=255) tGTAATTAACAACAGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAac > 2:2042051/1‑140 (MQ=255) acaGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCggg < 2:3660857/140‑1 (MQ=255) caGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGTTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGt > 2:3445689/1‑140 (MQ=255) caGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATACCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGt > 2:4448633/1‑140 (MQ=255) caGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTGGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTATAACGCCACGCCGGGt > 1:2838222/1‑140 (MQ=255) aGGTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGtt > 1:4672629/1‑140 (MQ=255) gTTACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCGTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTTCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCa > 1:1810785/1‑140 (MQ=255) tACAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTTATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCAcc > 1:406619/1‑140 (MQ=255) cAAAACCTACACCTGCATGCTCATCACTCCCTGATACGCCGCCACCAGCTTCTTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATCGAAACTGAGGCTCTTTGCATATCGGTCATCACATCTGTTAACGCCGCCCCGGGCTCAcctg > 2:289778/1‑138 (MQ=255) | GTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAGGTTACAAAACTTACACCTGCATGCTCATCACTTCCTGATACGCCGCCACCAGCTTATTACGCACCTGAATCCCCATTTGCATAGAAACTGAGGCTTTTTGCATATCGGTCATCACATCGTTTAACGCCACGCCGGGTTCACCGAGA > NZ_CP025268/2016603‑2016875 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |