| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,077,264 | C→T | R563W (CGG→TGG) | agn43 → | autotransporter adhesin Ag43 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,077,264 | 0 | C | T | 99.8% | 1599.9 / NA | 429 | R563W (CGG→TGG) | agn43 | autotransporter adhesin Ag43 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (256/170); total (258/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 429 total aligned reads displayed.
CACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGA > NZ_CP025268/2077128‑2077399 | cccgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGa < 1:3871446/138‑1 (MQ=255) ccgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGaa < 2:4349693/139‑1 (MQ=255) cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAat > 1:3993355/1‑140 (MQ=255) ggacgctgaACGACAGCACCGTCACCACGTATGTCATAGCTCAGCGCTGTACAGCCCTGCAGCTGACCGCCAGCACTGTGCTGAACGGTTCCATCCCCCCCCCCAATGTCTCTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATc < 2:1748986/139‑1 (MQ=255) gacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATcc < 1:774041/140‑1 (MQ=255) gaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCACCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATa < 2:3751916/140‑1 (MQ=255) cAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCa < 2:58814/140‑1 (MQ=255) cAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCa < 2:2474635/140‑1 (MQ=255) cAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCa < 1:4281519/140‑1 (MQ=255) cAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCa < 1:4330899/140‑1 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1:3269105/1‑140 (MQ=255) tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTg > 1:3713944/1‑140 (MQ=255) tCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTg > 2:3242836/1‑140 (MQ=255) ctctCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGaaa > 1:1906041/1‑140 (MQ=255) cTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGa < 1:801283/140‑1 (MQ=255) gTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGCCCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 2:676647/140‑1 (MQ=255) gTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 1:2611111/140‑1 (MQ=255) gTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 2:545039/140‑1 (MQ=255) gTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 2:849054/140‑1 (MQ=255) ctcccACCTGGAATAGCCCCGATACCGCCACGGCGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 2:3961911/137‑1 (MQ=255) | CACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGA > NZ_CP025268/2077128‑2077399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |