| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,457,300 | T→C | pseudogene (1737/2646 nt) | yfcU ← | fimbrial usher protein YfcU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,457,300 | 0 | T | C | 99.7% | 1230.8 / NA | 370 | pseudogene (1737/2646 nt) | yfcU | fimbrial usher protein YfcU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (192/177); total (193/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
GTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATTTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGT > NZ_CP025268/2457163‑2457436 | gTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTa > 2:893088/1‑140 (MQ=255) tCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTa < 1:4275217/140‑1 (MQ=255) cAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTAt > 1:2871397/1‑140 (MQ=255) tGATAGTGAGTCTCGTCATCGACCCGCCGACAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTTTCGCCCGACACGACACCCACCGAAATCTACACGCCCTTATCCGc < 2:162355/140‑1 (MQ=255) aGTGCGTCGCGTCAGCCACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCGGTCCGTCCCACGGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCCCGGCATACTGAGCGAGATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 2:517942/140‑1 (MQ=255) aGTGAGTCGCGTCATCGACCCGGCTAAAATCACCGCCCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 2:1148649/140‑1 (MQ=255) aGTGAGTCGCGTCATCGACCCGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 2:3214188/140‑1 (MQ=255) aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATACCCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATGCTGACCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 2:4547202/140‑1 (MQ=255) aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg > 1:1866837/1‑140 (MQ=255) aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 2:5007919/140‑1 (MQ=255) aGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGt > 1:1319042/1‑140 (MQ=255) gTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTc > 1:889643/1‑140 (MQ=255) gTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGGTGTc > 2:228076/1‑140 (MQ=255) tCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCa > 2:82099/1‑140 (MQ=255) tCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCa > 1:2240331/1‑140 (MQ=255) cgcgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCAt < 1:183768/140‑1 (MQ=255) gcgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATa > 1:4029514/1‑140 (MQ=255) gcgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATa > 1:4664840/1‑140 (MQ=255) gcgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATa > 2:3598044/1‑140 (MQ=255) cgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATAc > 1:537024/1‑140 (MQ=255) cgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATAc > 1:1742316/1‑140 (MQ=255) cATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCg < 2:4355430/140‑1 (MQ=255) cATCGACACGGCTAAAATAAACGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCg < 2:1771720/140‑1 (MQ=255) tCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTa > 1:83022/1‑140 (MQ=255) ggCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAg < 2:1073874/140‑1 (MQ=255) ggCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAg > 1:1216846/1‑140 (MQ=255) gCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCACCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGGCATACTCGTAGCGGTAGc > 2:2328977/1‑140 (MQ=255) aaaTAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGt < 1:630951/140‑1 (MQ=255) aaaTAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGt < 1:3456791/140‑1 (MQ=255) aCCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAggg < 1:582362/140‑1 (MQ=255) aCCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAggg > 2:4121354/1‑140 (MQ=255) aCCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGATGCCGTTATAGCTACCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAggg > 2:3682227/1‑140 (MQ=255) ccGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGa > 2:4714867/1‑140 (MQ=255) ccGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGa > 1:3648727/1‑140 (MQ=255) cGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGaa > 1:21365/1‑140 (MQ=255) tGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCt < 1:1988253/140‑1 (MQ=255) tGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTAGTCGCCCCACGGCATACTAAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCt > 2:1964511/1‑140 (MQ=255) ggCTGCTGTCCGTCCCCCTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGTACTCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATCCTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTc < 1:2618147/140‑1 (MQ=255) tgTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTa < 1:3935321/140‑1 (MQ=255) gtccgtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTAc < 1:4308977/140‑1 (MQ=255) cccACTGCCATACTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAAtgc < 2:2094055/140‑1 (MQ=255) cTGCCATTGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGcc < 2:1255671/140‑1 (MQ=255) cTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGcc < 1:1424146/140‑1 (MQ=255) cTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGcc < 1:794278/140‑1 (MQ=255) cTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGcc < 1:4164372/140‑1 (MQ=255) gCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCa < 1:1081627/140‑1 (MQ=255) gTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGa < 1:3246881/140‑1 (MQ=255) ttGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGaa > 1:1622121/1‑140 (MQ=255) gCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAAt > 2:2046833/1‑140 (MQ=255) gCCGTTATAGCCAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATAGTTAGCGAAATCTCCATGCCGTTATCCGCCCGGTTGTCATAATCTTAGCGGTAGCCAGTCGGGGAAATGTGCATAGTAGGAATGCTGCCCTTAGTGAAAt > 2:479421/1‑140 (MQ=255) cGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGcc < 2:2427556/127‑1 (MQ=255) gTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGt > 2:691419/1‑140 (MQ=255) tataGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTgg < 2:4819399/140‑1 (MQ=255) ataGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTggg < 2:3013725/140‑1 (MQ=255) taGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGga < 1:2680777/140‑1 (MQ=255) taGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGga < 1:3878597/140‑1 (MQ=255) taGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGga < 2:4340164/140‑1 (MQ=255) aGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCCTATTGAAATAGTGGgag > 2:4195660/1‑140 (MQ=255) aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGATAGCa < 2:4693176/140‑1 (MQ=255) aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 1:1491894/140‑1 (MQ=255) aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 2:4270158/140‑1 (MQ=255) aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 2:4029514/140‑1 (MQ=255) aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 1:4006118/140‑1 (MQ=255) aaCGGTACTCTTGTGCCCCGACGCGATACCGAGCGAAAACTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 2:3347308/140‑1 (MQ=255) cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGACACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatg > 1:4479542/1‑140 (MQ=255) cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatg < 2:1232724/140‑1 (MQ=255) cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatg > 2:2133027/1‑140 (MQ=255) cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatg > 1:1935308/1‑140 (MQ=255) cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAAGCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatg < 1:5041576/140‑1 (MQ=255) tACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatgatg > 2:1925408/1‑140 (MQ=255) tACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatgatg > 1:3105978/1‑140 (MQ=255) tACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGCGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatgatg > 1:4565758/1‑140 (MQ=255) tCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGtt > 1:2477230/1‑140 (MQ=255) tCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGtt > 1:2781878/1‑140 (MQ=255) gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGGGCATGATGTTTTAGTTTg > 2:3947446/1‑140 (MQ=255) gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTg > 1:339110/1‑140 (MQ=255) gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTg > 2:2692110/1‑140 (MQ=255) gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTg > 2:3304740/1‑140 (MQ=255) gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTg > 1:3002210/1‑140 (MQ=255) ccccACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGt < 1:4131007/140‑1 (MQ=255) ccccACGGCATACTGAGCGAAAGCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGt < 2:2828929/140‑1 (MQ=255) cACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCCCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTg < 1:5039550/140‑1 (MQ=255) aCGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCat < 2:1502809/82‑1 (MQ=255) aCGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAACTAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGc > 1:69884/1‑140 (MQ=255) aCGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGc > 1:3795411/1‑140 (MQ=255) aCGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGc > 1:4940512/1‑140 (MQ=255) ggCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGctc > 2:2873853/1‑140 (MQ=255) cTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACg < 1:2354855/140‑1 (MQ=255) cTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACg < 2:1866837/140‑1 (MQ=255) tGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGa < 1:3335743/140‑1 (MQ=255) aGCGAGATTTACATGCCCTTATCCGCCCGGTGGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCGTATTACGAATGCGGCGCATATTGAAATAGCGGGATAGCATGATGGTGTAGTTTGTCTGCGGCTCACGATc > 2:3749645/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGa > 1:314799/1‑94 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 2:4738128/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 1:2386107/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 1:4720177/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATc > 1:1181042/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTCTCTGCTCCTCACGATc > 2:4434274/1‑140 (MQ=255) aGCGAAATCTAAATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATCCTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAACCGCTCATATTACGAATGCTGCACATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTATGTCTGCTCCTCACGATc > 2:3630214/1‑140 (MQ=255) gAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCa < 1:944867/140‑1 (MQ=255) aaaTCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAg < 2:3849206/140‑1 (MQ=255) | GTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATTTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGT > NZ_CP025268/2457163‑2457436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |