| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,309,691 | A→G | intergenic (‑82/+26) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,309,691 | 0 | A | G | 92.9% | 929.1 / 37.4 | 309 | intergenic (‑82/+26) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (126/160); minor base C (8/14); total (134/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
TGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑C‑C‑CCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309559‑3309827 | tGCAATCATAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAGGGTTTCGTTTCGCAATGCCGAAGACCACTGTGGAAAGAACGACCAGTTCCTTGTTGCTAACAAGGCGTCCGGCCCGGTTAAAAG‑CTC‑C‑CCG‑CCGCAg > 2:1945203/1‑140 (MQ=255) cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCg < 2:4454384/140‑1 (MQ=255) aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCgg < 1:443479/140‑1 (MQ=255) aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCgg < 1:2489244/140‑1 (MQ=255) 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gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 2:1259376/140‑1 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc < 2:139668/140‑1 (MQ=255) aCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGa < 1:1996284/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCGCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCACCCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 2:1760786/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGTGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:5026268/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:1330114/140‑1 (MQ=255) aGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATAc < 2:5059441/140‑1 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg > 1:1606953/1‑140 (MQ=255) gTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGcc > 1:1820586/1‑140 (MQ=255) cGGTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGAt > 1:3448923/1‑140 (MQ=255) ggTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATc < 1:265657/140‑1 (MQ=255) agTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAACTGGGAACCTTACTCGCCCTGTTCCGCAGCGGGGGCTTCCGGGGCTGCAGCAGGTTGCGGCTGCTCAGTCGCTTCTTTAAGGCTCAGACGGATACGGGACTGGCGAtg > 2:2163273/2‑139 (MQ=255) gTTAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCa < 2:1491541/140‑1 (MQ=255) ttAAAAGCC‑C‑C‑CCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCaa > 1:5073975/1‑140 (MQ=255) agcc‑c‑c‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGGAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCCTTAATGCTCAGACGGCTACGGCCCTGGCGATCAGCTTcc > 2:1059275/4‑140 (MQ=255) agcc‑c‑c‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTcc > 2:4794496/4‑140 (MQ=255) c‑c‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGACCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGATGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGaa < 2:4900662/140‑1 (MQ=255) c‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAc > 1:589135/1‑140 (MQ=255) c‑ccG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAc > 2:1998326/1‑140 (MQ=255) | TGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑C‑C‑CCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309559‑3309827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |