| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,341,273 | C→T | S105L (TCA→TTA) | yrbG → | calcium/sodium antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,341,273 | 0 | C | T | 99.4% | 1316.3 / NA | 351 | S105L (TCA→TTA) | yrbG | calcium/sodium antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (181/166); minor base G (2/0); total (184/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
CGCGTCTCTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATCACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAGGCTG > NZ_CP025268/3341136‑3341410 | cgcgTCTCTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTAc < 1:4999508/140‑1 (MQ=255) tctcTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCtt < 1:3522836/140‑1 (MQ=255) tctGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTaa < 1:3361089/140‑1 (MQ=255) tctGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTaa < 2:3316852/140‑1 (MQ=255) tctGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTaa < 1:3797420/140‑1 (MQ=255) ccGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAAtgttg < 2:4362675/139‑1 (MQ=255) aCGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAAtgttg < 1:1345551/140‑1 (MQ=255) acaacGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCCATATATTGCTGATCCTAGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTgg > 2:756/1‑140 (MQ=255) aacGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTTGTc > 1:4201380/1‑140 (MQ=255) acGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCa > 1:741779/1‑140 (MQ=255) acGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTCATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTCTTGGTCa > 2:2948744/1‑140 (MQ=255) cgcgATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAg < 1:3968390/140‑1 (MQ=255) aGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGtggtgg > 1:1954089/1‑140 (MQ=255) gCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTTTCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGCCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGc < 1:569926/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGc < 1:1717770/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGc < 1:796030/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGc < 2:1906226/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGc < 1:2328945/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGc < 1:2909364/140‑1 (MQ=255) gCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGGCCGTTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGc < 1:154342/140‑1 (MQ=255) cGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCg < 1:4608670/140‑1 (MQ=255) cGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGGGAATTACCCTTATTGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCg < 2:919741/140‑1 (MQ=255) cGTTGGTACAGCCCTCCGCTCAAACATTATCCATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGAGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCg < 1:2822422/140‑1 (MQ=255) tGGTACTGCGCTCGGCTCAACCATTATCAATATATTGCTGCTCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCCTTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGtt < 1:2672648/140‑1 (MQ=255) tGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGtt > 1:1606613/1‑140 (MQ=255) ggTACAGCCCTCGGCTCAAAGATTATCAATGTATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCGGATGTTGTACGCCGTGAATTACCGTTAATTGTGTTGGTTGGCGTGGCGGCCGGGTc > 2:4448952/1‑140 (MQ=255) ggTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTc > 2:212927/1‑140 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1:4980946/1‑140 (MQ=255) ccTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGATGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTActct > 1:530363/1‑140 (MQ=255) cTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTa > 2:3002629/1‑140 (MQ=255) cTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTa < 1:4688782/140‑1 (MQ=255) ggCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGCTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGa > 2:2302823/1‑140 (MQ=255) ggCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCGGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGGTCCGTATTCTATGa > 1:2385118/1‑140 (MQ=255) cTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACg < 2:3118873/140‑1 (MQ=255) cTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACg < 2:3363218/140‑1 (MQ=255) aaaCATTATCACTATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCTTCCTTTTACCTTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTCCCGTACTCTATGACGGAc > 2:3632288/1‑140 (MQ=255) aaaCATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGAc > 2:2325082/1‑140 (MQ=255) aaaCATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCCTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTCTGACGGAc < 2:1749476/140‑1 (MQ=255) aaaCATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCAGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGAc > 2:4318294/1‑140 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2:1360269/1‑140 (MQ=255) tCCATTCTCATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGGGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACACCTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGCGCTATGGCTGCTGttt > 2:5007092/1‑139 (MQ=255) tCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGt < 2:10016/140‑1 (MQ=255) gATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTaa < 2:4202374/140‑1 (MQ=255) tGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAAc > 2:1677784/1‑140 (MQ=255) cTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGc > 1:3184869/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAgg > 2:1539675/1‑140 (MQ=255) tGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAgg > 2:584341/1‑140 (MQ=255) tGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAgg < 1:4312265/140‑1 (MQ=255) tGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAgg > 1:2537039/1‑140 (MQ=255) | CGCGTCTCTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATCACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAGGCTG > NZ_CP025268/3341136‑3341410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |