Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 3,392,785 | C→T | intergenic (‑72/+358) | tldD ← / ← yhdP | metalloprotease TldD/AsmA2 domain‑containing protein YhdP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,392,785 | 0 | C | T | 99.1% | 1574.6 / NA | 443 | intergenic (‑72/+358) | tldD/yhdP | metalloprotease TldD/AsmA2 domain‑containing protein YhdP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (178/258); minor base G (0/4); total (178/265) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 444 total aligned reads displayed.
AACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTACCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCA > NZ_CP025268/3392649‑3392920 | aaGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGcc < 2:4894759/140‑1 (MQ=255) ttCCTGATGTTTCAGGCCGGTCGCCGCTAGCAATCGTCCACTTACCAGGTCAAGACGCATCGTTTGTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTa < 2:2198165/139‑1 (MQ=255) gTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTa < 1:69938/140‑1 (MQ=255) gATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGtt < 1:3980895/140‑1 (MQ=255) tCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTc > 1:515096/1‑140 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTGTCTCACCTGTTTAAGACTAATCGTTTTTGCTACTCGGTAGTTACTGCAGTAGAAAATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGCCGTGCCCGGCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCg < 2:85375/140‑1 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCg < 2:1350790/140‑1 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCg < 1:312932/140‑1 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCg < 2:1611482/140‑1 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCg < 1:2435409/140‑1 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTGTTGCGACGCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTAGCCAGCCTACGGTTATGGTCCg < 2:1265492/140‑1 (MQ=255) aGGCAGTTCGCAGCTAGCAATTGTGCACTTCGCGGGCGAAGAGTGGTCGTTTTTGCTCGGCGTGAGTTACGGGAGTGGAGGATTGTTTTCGGCTGCGGGATGCGGCGTGAACGCCCTTTCCAGCCTACGTTTATGTTCCg < 2:3135629/140‑1 (MQ=16) ttCGCCGTTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGGCTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGt < 2:1947978/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGt < 1:4766959/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGt > 1:2343038/1‑140 (MQ=255) ttCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGt > 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cgcTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTCCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGcc < 1:62459/140‑1 (MQ=255) cTAGCAATTGTTCACTTCCCAGGTTAACACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTCAGTGCAGTAGAGCATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTAGCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTg < 2:1459508/140‑1 (MQ=38) cTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGTTTTGTAGGCCTg < 2:4071126/140‑1 (MQ=255) tAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGACCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGa > 1:4687335/1‑140 (MQ=255) ttCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca > 1:3055053/1‑140 (MQ=255) ttCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 1:3256523/140‑1 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cATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgg > 2:1126180/1‑140 (MQ=255) cATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgg < 1:2313245/140‑1 (MQ=255) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTCGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGCTGCGGCGTGCACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 2:264021/1‑140 (MQ=25) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAGGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 2:502706/1‑140 (MQ=255) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 1:1045555/1‑140 (MQ=255) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 1:2640521/1‑140 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ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTaa < 2:775257/140‑1 (MQ=255) tgagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCCGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTaa < 2:1689813/138‑1 (MQ=255) aCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCt > 1:933013/1‑140 (MQ=255) tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa > 2:2951645/1‑140 (MQ=255) gtaGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGATCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 2:337538/138‑1 (MQ=255) gCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 1:4793167/140‑1 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(MQ=255) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGACTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 2:3312142/140‑1 (MQ=255) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCATATCCAGCCTACGGTTACGTTCCGGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:1139394/1‑140 (MQ=255) gCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:429990/140‑1 (MQ=255) gCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:292629/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt > 1:1862785/1‑140 (MQ=255) ccGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt > 1:740326/1‑140 (MQ=255) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg < 2:3748834/140‑1 (MQ=255) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg < 2:259631/140‑1 (MQ=255) cGGATGCGGCGGGAACGCCCTATCGAGCCTACGGTGATGTTCCGGTTTGGAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCGGGGGTTATGTTCCGTTTg < 2:4364975/140‑1 (MQ=14) gcaTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCGACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGt < 2:4742065/138‑1 (MQ=255) aTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAg < 2:3591864/140‑1 (MQ=255) cggagTGAACGCCCTATCAAGCCTACGGTTATGTTCAGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGcc < 1:2889745/140‑1 (MQ=255) cgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGa > 1:2422183/1‑140 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCCGCCTACGGTCATGTTCCGGTTTGTCGGCCGAATAAGTCGCACAGCTTCGCATCGCACCACCGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTCCGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:2709063/140‑1 (MQ=14) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:390476/140‑1 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:3610684/140‑1 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:1656196/140‑1 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:1479818/140‑1 (MQ=255) aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAg < 2:3250419/140‑1 (MQ=255) aaCGCCCTAACCAGCCTACGGTTATGTTCCAGTTTGTAGGCCTGCTAAGACGCACAGCGTAGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAg < 2:426049/140‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTCTGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 1:21114/140‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 1:3391214/140‑1 (MQ=255) | AACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTACCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCA > NZ_CP025268/3392649‑3392920 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |