Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,535,342 | T→C | R405G (AGG→GGG) | envZ ← | two‑component system sensor histidine kinase EnvZ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,535,342 | 0 | T | C | 99.6% | 845.0 / NA | 255 | R405G (AGG→GGG) | envZ | two‑component system sensor histidine kinase EnvZ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (135/119); minor base A (1/0); total (136/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CTTCTTTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTTCCGCTG > NZ_CP025268/3535207‑3535478 | cttcttTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAAt > 2:4439960/1‑140 (MQ=255) cttTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCATGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATccc > 2:2541377/1‑140 (MQ=255) cttTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATccc > 2:3534108/1‑140 (MQ=255) cttTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATccc > 1:1354602/1‑140 (MQ=255) cttTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATccc > 2:3979649/1‑140 (MQ=255) cttTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATccc > 2:4731539/1‑140 (MQ=255) tttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGt < 1:2874310/140‑1 (MQ=255) tttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGt < 2:3703861/140‑1 (MQ=255) tttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGt < 2:2380485/140‑1 (MQ=255) tttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGt < 2:1413222/140‑1 (MQ=255) tttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGt < 1:4121464/140‑1 (MQ=255) tttGTCGCGCCCTGAGCCCGCGTTCCCGGCGCTGGCAGCCAGGCGCGAATGGATAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCAGGATACGCTGCACAATTGCCAGCGCTAATCCCGt < 2:81628/140‑1 (MQ=255) ttgggcGTGCCCTGCGCCCGCGTGACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCTCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGGTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGt < 2:4804831/135‑1 (MQ=255) tagTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACCATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCg > 1:4082286/3‑140 (MQ=255) tCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCg > 2:1779681/1‑140 (MQ=255) tGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTa < 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cgcCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGgcgc > 2:802829/1‑140 (MQ=255) cgcCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTgc > 1:2315104/1‑140 (MQ=255) cgcCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTgc > 1:187149/1‑140 (MQ=255) cgcCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTgc > 1:4939789/1‑140 (MQ=255) cgcCCGCGTTACACGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTCCACAATTGCCAGCCCTACTCCCGTGCCGCTAATGGtcc > 2:5026629/1‑138 (MQ=255) ccGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTgcgcg < 1:1028737/140‑1 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1:220680/1‑140 (MQ=255) gCAACCAGGCGCGAAAGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCAGGTGCCAAGCTCAACCATCCCGTTATGGTTATCCCCGATACGCTGCACAACTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGcaca < 2:1475636/140‑1 (MQ=255) cAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaa < 1:4797886/140‑1 (MQ=255) cAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaa < 1:4421869/140‑1 (MQ=255) cAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACaa < 1:424460/140‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACg < 1:4872162/140‑1 (MQ=255) cAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGATTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACgg > 2:1725298/1‑140 (MQ=255) aGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGc < 2:1352068/140‑1 (MQ=255) aGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGc < 2:4464557/140‑1 (MQ=255) aGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGc < 1:2615951/140‑1 (MQ=255) cgAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGaa < 1:2533043/140‑1 (MQ=255) gAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAAc < 1:769750/140‑1 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cGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATGGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCCGACAAACGGCTGGAACAGGGGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGTCCGTCACCTccc > 2:2890064/1‑140 (MQ=255) tATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCAcc < 1:828548/140‑1 (MQ=255) tATGGTGATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCAcc < 1:3761917/140‑1 (MQ=255) tGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCCTCTTCCACCTg > 1:4733731/1‑140 (MQ=255) aTCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAAcc > 1:1310874/1‑140 (MQ=255) aTCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAAcc > 1:1993141/1‑140 (MQ=255) aTCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAAcc > 2:4313075/1‑140 (MQ=255) aTCCACGATACACTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTTGAAcc > 2:3770273/1‑140 (MQ=255) tCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCTCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCa > 1:1753290/1‑140 (MQ=255) tCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCa > 1:1411977/1‑140 (MQ=255) tCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCGAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCa > 1:142282/1‑140 (MQ=255) cGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGgcg < 1:4765586/140‑1 (MQ=255) cGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGgcg > 1:928729/1‑140 (MQ=255) cGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGGCATCTTCCACCTGGAACCAGgcg < 1:2087002/140‑1 (MQ=255) gATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGgcgc > 1:2154801/1‑140 (MQ=255) tACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGa > 1:155131/1‑140 (MQ=255) tACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGa > 1:2792935/1‑140 (MQ=255) tACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGa > 1:4313337/1‑140 (MQ=255) gCTGCACAGTTTCCAGCCCTAGTCCCGGGCCGCTACTGGTGCGTGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGGACAGGTGCTCACGTTGTTCCGGCGCAAGTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGCttg > 2:2979908/1‑139 (MQ=255) gCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTc > 1:3194164/1‑140 (MQ=255) gCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTc > 1:2999161/1‑140 (MQ=255) cTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCATGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCg > 1:4491159/1‑140 (MQ=255) tGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCCCTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCgg > 1:2031754/1‑140 (MQ=255) cacaATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCt < 1:3337201/140‑1 (MQ=255) cacaATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTCTAGCCGCGGACAACCGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTATTCCGGCGCAGTTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTTGGCt > 2:1292044/1‑140 (MQ=255) acaATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTc > 2:1082763/1‑140 (MQ=255) aGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTTCCgct > 1:4000085/1‑140 (MQ=255) gCCCTAACCCCGCGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTTCCgctg < 1:4099472/140‑1 (MQ=255) | CTTCTTTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTTCCGCTG > NZ_CP025268/3535207‑3535478 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |