| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 3,894,373 | A→G | T281A (ACG→GCG) | mdtL → | multidrug efflux MFS transporter MdtL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 3,894,373 | 0 | A | G | 99.6% | 902.1 / NA | 280 | T281A (ACG→GCG) | mdtL | multidrug efflux MFS transporter MdtL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (170/107); total (170/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TGAGCGCGGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGCG > NZ_CP025268/3894237‑3894508 | gcgcgcGGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCggg < 2:3097991/138‑1 (MQ=255) ggTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCAc > 2:4772889/1‑140 (MQ=255) ggTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCAc > 2:1153483/1‑140 (MQ=255) ggTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCAc > 2:2654438/1‑140 (MQ=255) ggTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCAc > 1:1792848/1‑140 (MQ=255) ggTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCAc > 2:3947470/1‑140 (MQ=255) ggTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATGCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCAc > 2:872688/1‑140 (MQ=255) gTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCAct > 1:331911/1‑140 (MQ=255) gTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCAct > 1:4940138/1‑140 (MQ=255) gTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCAct > 1:2730769/1‑140 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2:2233110/1‑140 (MQ=255) caTTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATTATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCTGTTTCAc > 2:4102420/1‑140 (MQ=255) caTTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTTGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCAc > 1:3146439/1‑140 (MQ=255) caTTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCAc > 2:1559021/1‑140 (MQ=255) caTTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCAc > 1:4811261/1‑140 (MQ=255) caTTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTGGCGCGGGGAGTTTTTAAGCCACGTACGTTGAGGATCACCTCGCAGGGGGGATTCGTGGCGGCGGGGAGCACGCTTGCCGTTTCAc > 1:3019009/1‑140 (MQ=255) caTTATGGCGCTGACAGCTGGCGTCAGCATGACCGTTGCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCAc > 2:4591916/1‑140 (MQ=255) aTTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCAcc < 1:2629622/140‑1 (MQ=255) ttATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTTCGCTGGGAGTTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCGCGCAGGTGTTATTCCTCGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTCTCACCt > 2:2854147/1‑140 (MQ=255) tATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCtt > 2:2407503/1‑140 (MQ=255) tGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTcc > 1:63629/1‑140 (MQ=255) gctcTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGTGCATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTTCTTGCGGCGGGGATGACTCTTGCCGTTTCACCTTtcct > 2:3346563/4‑139 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tcCACGCCATGTGCGTTGTGAATTTTTGCGCCACGTCAGTTGATGATCCCCTCGCAGGCGTTCTTCCTGGCGGCGGTGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTgcgc < 2:2483963/140‑1 (MQ=255) cACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCg > 1:54048/1‑140 (MQ=255) cACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCg > 1:1559772/1‑140 (MQ=255) ccGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCgg < 1:4609147/139‑1 (MQ=255) aCGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCgg > 1:2965971/1‑140 (MQ=255) cGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGt < 1:3700565/140‑1 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2:566173/1‑140 (MQ=255) tCGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGtt < 1:2336673/140‑1 (MQ=255) cGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGCTTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGttt > 1:4061952/1‑140 (MQ=255) cGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGttt > 2:487110/1‑140 (MQ=255) cGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGttt > 1:1133380/1‑140 (MQ=255) cGCAGGTGTTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTGTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGttt > 1:2454530/1‑140 (MQ=255) cGCAGGTGGTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCTATGAGTCAGGCGTTAGGTCCGttt > 1:2600280/1‑140 (MQ=255) gtgtTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCAtt > 1:4341062/1‑140 (MQ=255) gtgtTATTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCAtt < 1:4046468/140‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCGTGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCCCGCTGCTTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 2:2589191/140‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 1:1019134/140‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 1:2364019/140‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 1:3650622/140‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 1:2877594/140‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTGTTCATTAcgcg > 1:1823918/1‑140 (MQ=255) aTTCCTGGCGGCGGGGATCACGCTTGCCGTTTAACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 2:269665/140‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCGCCGGTGATCCCTCTTGCCGTTTCTCCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTAcgcg < 2:1097871/140‑1 (MQ=255) ttCCTGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTATGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGGTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGGTTTCATTAcgcgc > 2:975066/1‑140 (MQ=255) tGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGTTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGCCGTTAGGGCCGTTTTCATTACTCGCGGGc < 1:735245/140‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCGCTGTTTGGTAGCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTGTTGGTTTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCGTGACGCGCTGGc > 2:3611126/1‑140 (MQ=255) ggcggcGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTGTGGTTGGTATCCCGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTCGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGCg > 2:2954551/1‑140 (MQ=255) ggcggcGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGCg > 2:4621564/1‑140 (MQ=255) | TGAGCGCGGTGAATACGCCACCATTATGGCGCTGACCGCTGGCGTCAGCATGACCGTTTCATTCTCCACGCCATTTGCGCTGGGAATTTTTAAGCCACGTACGTTGATGATCACCTCGCAGGTGTTATTCCTGGCGACGGGGATCACTCTTGCCGTTTCACCTTCCCATGCGGTTTCTCTGTTTGGTATCACGCTGATTTGCGCCGGTTTCTCGGTAGGTTTTGGTGTGGCGATGAGTCAGGCGTTAGGGCCGTTTTCATTACGCGCGGGCG > NZ_CP025268/3894237‑3894508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |