| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,900,528 | A→G | *196* (TAA→TAG) | cbrC → | PF03691 family colicin E2 tolerance protein CbrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,900,528 | 0 | A | G | 99.5% | 617.5 / NA | 186 | *196* (TAA→TAG) | cbrC | PF03691 family colicin E2 tolerance protein CbrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (87/97); minor base T (0/1); total (87/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GAAGAAGATTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGG > NZ_CP025268/3900394‑3900663 | gaagaaGATTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAgttatt > 1:302109/1‑140 (MQ=255) aagaagATTGTGCGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTAttt > 2:5027026/1‑140 (MQ=255) aagaagATTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTAttt > 1:4865034/1‑140 (MQ=255) gaaggTTGTGAGATTTTCGGTATTAGAAAGTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCACAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTCGGGTGATTGTTCGTAGTTATTTaa < 2:2051815/140‑1 (MQ=255) gaagaTTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTaa < 1:1485086/140‑1 (MQ=255) gaagaTTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTaa < 1:2249450/140‑1 (MQ=255) gaagaTTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTaa < 1:3453458/140‑1 (MQ=255) gaagaTTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTaa < 1:4184292/140‑1 (MQ=255) gaagaTTGTGAGAATTTCGGTAGTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTaa < 2:3254828/140‑1 (MQ=255) agaTTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAaat < 2:1254862/140‑1 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tgGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGc > 1:4664609/1‑140 (MQ=255) tgGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCCAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGc > 1:4555292/1‑140 (MQ=255) ggggggATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCa > 2:2104999/1‑140 (MQ=255) ggggTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCa > 2:3595683/1‑140 (MQ=255) ggggTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCa > 1:1716222/1‑140 (MQ=255) ggggTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCa > 1:3311422/1‑140 (MQ=255) gggTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGTCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGCTGCAg > 1:2289509/1‑140 (MQ=255) gggTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAg > 1:2171184/1‑140 (MQ=255) gTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGTCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCt > 2:92795/1‑140 (MQ=255) gTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCt > 1:552330/1‑140 (MQ=255) tGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCCCACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCCGCCATTACCCTCTGCGAAGGATGCAGCTg < 2:2258705/140‑1 (MQ=255) | GAAGAAGATTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGG > NZ_CP025268/3900394‑3900663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |