| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 378,657 | T→C | *92* (TAA→TAG) | frmR ← | formaldehyde‑responsive transcriptional repressor FrmR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 378,657 | 0 | T | C | 99.2% | 859.2 / NA | 257 | *92* (TAA→TAG) | frmR | formaldehyde‑responsive transcriptional repressor FrmR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (114/141); minor base A (2/0); total (116/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GACTTTAATTAGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGTTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCAGCCCATTAGCCGCG > NZ_CP025268/378521‑378792 | gACTTTAATTAGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTAt > 2:64745/1‑140 (MQ=255) aCTTTAATTCGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTAtt < 1:424685/140‑1 (MQ=255) aCTTTAATTAGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTGACCGGGAGCAAAGGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTTGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTAtt < 1:1264633/140‑1 (MQ=255) aCTTTAATTAGCACGTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAAGGATTTTCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGGGATTTCATCTGTCGCCCTTCCGCAATATGGGAATAGATTCAGCTAtt > 2:2984256/1‑140 (MQ=255) tttAATTAGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTa > 1:3325117/1‑140 (MQ=255) tttAATTAGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTa > 2:2457545/1‑140 (MQ=255) tttAATTAGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATGTCAACGATTTCCAGCGGGTTACCGGGAGCAAATCCAATGGCAGCACGTGATTTCATTCCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCGATTTa > 2:1945178/1‑140 (MQ=255) tattctcACTTCACCATTCTTCGGTCGTGCAACCTCAATTTCCCCGCCTTCCAGCGGCTTACCGGGAACAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCCTCTCTCGCTCCCGCTCAATATGGTAAGAGATTCACCTATTTAAGa < 2:4361357/134‑1 (MQ=255) aaTTAGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGa < 1:2547476/140‑1 (MQ=255) aaTTAGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGa < 1:4788625/140‑1 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cACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCACATTCACCGCTTTCCAGCGGTTTCCCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTATCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAAc < 1:2889238/140‑1 (MQ=255) cACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGCGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATAGGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACTAAc > 2:2088333/1‑140 (MQ=255) cACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAAc < 2:195367/140‑1 (MQ=255) cACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAAc < 1:757052/140‑1 (MQ=255) cACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAAc < 2:187527/140‑1 (MQ=255) cACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAAc < 1:4431690/140‑1 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tcGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGc > 2:1804061/1‑140 (MQ=255) cGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTGGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCa > 2:3061513/1‑140 (MQ=255) cGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCa < 2:2504693/140‑1 (MQ=255) cGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCa < 1:198617/140‑1 (MQ=255) cGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGCCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCa < 2:4166264/140‑1 (MQ=255) ctTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTc < 1:640209/140‑1 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1:3274518/1‑140 (MQ=255) gcagggaaTAGATTCCGCTATTTAACAGCGGCAAGAACCAGTTCAATAGTGGCGTCAACGTACTGGCTAACATCGCGGCTGTCGCAGTCCTTCCGGTCAACCGTTTCCCGGATATGGCTTACAAGCACTTCTGCCATCAg < 2:1662676/134‑1 (MQ=255) tGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCAGcc > 2:3942216/1‑140 (MQ=255) tGGTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCAGcc > 1:994429/1‑140 (MQ=255) gTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCCTTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCAGCCCa > 1:4566516/1‑140 (MQ=255) gTAATAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCAGCCCa > 1:3898174/1‑140 (MQ=255) tAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCCGCCCATTAg > 1:4023781/1‑140 (MQ=255) tAGATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCATTCAAGCACTTCTGCCATCAGCCCATTAg > 2:532320/1‑140 (MQ=255) gATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCAGCCCATTAggc > 2:4638154/1‑138 (MQ=255) gATTCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCAGCCCATTAGcc < 2:2219879/140‑1 (MQ=255) tCAGCTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCAGCCCATTAGCcgcg > 2:1139281/1‑140 (MQ=255) | GACTTTAATTAGCACTTCACCTTTTTTCGGTGGTGCAACGTCAATTTCAACGATTTCCAGCGGTTTACCGGGAGCAAATGCAACGGCAGCACGTGATTTCATCTCTCGCTCTTCCTCAATATGGTAATAGATTCAGTTATTTAAGATAGGCACGAACCAGTTCAATAGTGTCGTCAACGGATTGGCTGACTTCGCGGCTGTAGCAGTCATTTCGGTCAAACGTTTCCCGGATATGGCTTTCAAGCACTTCTGCCATCAGCCCATTAGCCGCG > NZ_CP025268/378521‑378792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |