| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 436,157 | A→G | *173* (TAA→TAG) | pgpA → | phosphatidylglycerophosphatase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 436,157 | 0 | A | G | 99.6% | 893.5 / NA | 271 | *173* (TAA→TAG) | pgpA | phosphatidylglycerophosphatase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (136/133); total (138/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAATTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAAGTGATATCCACC > NZ_CP025268/436022‑436292 | gTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTtgt < 1:2672980/140‑1 (MQ=255) tGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTtgtg < 1:4892906/140‑1 (MQ=255) gCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCa < 1:1828406/140‑1 (MQ=255) cGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCAcc < 2:850016/140‑1 (MQ=255) 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gcggcATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCtca > 1:667433/1‑140 (MQ=255) gcggcATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCtca > 2:1745947/1‑140 (MQ=255) gggcATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGGCACGTCtcat < 1:3676496/139‑1 (MQ=255) cggcATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCtcat < 1:2970545/140‑1 (MQ=255) cggcATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGAGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGGCCCTTGTCACGTCtcat < 1:548736/140‑1 (MQ=255) cggcATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCGGGGAATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCtcat > 1:3629119/1‑140 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catcaCTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCtt > 1:103992/1‑139 (MQ=255) catcaCTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTg > 1:2341377/1‑140 (MQ=255) caCTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTc < 1:1931746/140‑1 (MQ=255) gCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGGCTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCt > 2:4697938/1‑140 (MQ=255) gCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCt > 1:3698382/1‑140 (MQ=255) ccGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTTCACCGATGCCTGATGTGACGCTCGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTCTTTAAATCCTACGTCAGGATGCGGTTTATACGGCGTGTCCAGTTCGGCCATCTGTTCCGGCtt > 2:2638176/1‑140 (MQ=255) ccGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCtt > 1:128144/1‑140 (MQ=255) ccGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCtt < 1:713341/140‑1 (MQ=255) ccGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCtt > 1:966549/1‑140 (MQ=255) gCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCa < 1:2352838/140‑1 (MQ=255) gCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCa < 2:3804089/140‑1 (MQ=255) gCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCa < 1:3407839/140‑1 (MQ=255) gCTGGGTATTCTGTCGTAGGTGTGCACCGATGCCTGATGTCACGCTTGTCACGTGTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCGTCa < 1:47564/140‑1 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa > 2:4027517/1‑140 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa < 1:3243016/140‑1 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa < 1:1759046/140‑1 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa > 2:787287/1‑140 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGATCCGGCTTCaaa < 2:5030476/140‑1 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGCTTCTAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa > 1:1439532/1‑140 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACACTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa < 1:1019460/140‑1 (MQ=255) cGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGCCTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAAGTGATATCCAcc > 1:2128921/1‑140 (MQ=255) | GTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAATTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAAGTGATATCCACC > NZ_CP025268/436022‑436292 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |