| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,420,798 | 2 bp→CT | coding (2017‑2018/2145 nt) | pta → | phosphate acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 2,420,798 | 0 | T | C | 99.8% | 1369.3 / NA | 412 | S673M (TCG→CTG) | pta | phosphate acetyltransferase |
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| * | NZ_CP025268 | 2,420,799 | 0 | C | T | 98.5% | 1506.0 / NA | 412 | S673M (TCG→CTG) | pta | phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (151/253); minor base G (5/1); total (156/256) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 412 total aligned reads displayed.
CGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTC > NZ_CP025268/2420665‑2420930 || cgCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGAtct > 2:4532879/1‑140 (MQ=255) gTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCGGAACACAGGTAACACCACCGACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCgg < 2:3861813/140‑1 (MQ=255) aaTGGCTGACGTTGCGAACTCCAAGGCGCCGAACCCTCCGGTTGCAGGGCGGCCTCCCCTGTTGATCTTCCCGGATATGAACCCCGGTAACACCACCTGCAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGCTCTCCATCGGGc < 2:4187741/140‑1 (MQ=255) aaTGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGTGCTACCGTGTTCATCTTCCCCGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTACATCGGGc < 2:2013557/140‑1 (MQ=255) aaTGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGc < 1:3773564/140‑1 (MQ=255) aTGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGcc > 1:1122922/1‑140 (MQ=255) tGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGACCTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCg < 2:3585076/140‑1 (MQ=255) tGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAACGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCg < 1:4934417/140‑1 (MQ=255) tGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGAtgc > 1:3670419/1‑140 (MQ=255) aCGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGAtgctg < 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accTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGGCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCa > 1:774349/1‑140 (MQ=255) cTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGt < 1:2020130/140‑1 (MQ=255) cTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGt < 2:5047187/140‑1 (MQ=255) aaGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGCTCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGca < 2:741911/140‑1 (MQ=255) aGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGcac < 1:3011240/140‑1 (MQ=255) gCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGcaca > 2:3844654/1‑140 (MQ=255) gCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGcaca > 2:2183545/1‑140 (MQ=255) cGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcag < 1:2109122/140‑1 (MQ=255) cGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcag < 1:2583569/140‑1 (MQ=255) cGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGCTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCACTCTGCAcag < 2:4298868/140‑1 (MQ=255) ggTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagc < 1:4184912/140‑1 (MQ=255) gTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagca > 2:4734874/1‑140 (MQ=255) gTACAGCGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagca > 2:1335285/1‑140 (MQ=255) cGTTCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTa > 1:2847179/1‑140 (MQ=255) ttCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAt > 2:3202101/1‑140 (MQ=255) ttCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCCCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAt > 2:644507/1‑140 (MQ=255) ttCTGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCAGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGGTAGCGAACTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGAAGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGGGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAt > 2:1556042/1‑140 (MQ=255) tGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAtctc > 1:1472990/1‑140 (MQ=255) tGCCGA‑CCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAtctc > 1:1870153/1‑140 (MQ=255) || CGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGA‑CTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTC > NZ_CP025268/2420665‑2420930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |