Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,206,865 | (T)6→5 | pseudogene (1043/1129 nt) | intE ← | site‑specific integrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,206,860 | 0 | T | . | 99.6% | 7688.8 / 13.9 | 1603 | pseudogene (1048/1129 nt) | intE | site‑specific integrase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1750 total aligned reads displayed.
TTTTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATG > NZ_CP025268/1206721‑1206994 | tAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGACGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttt < 2:6583212/140‑1 (MQ=255) aGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTTAGATGCTTAAAGGTTCACAACTCTCCTTTGCTCCATCGTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTGGTTGTTGTGTTTTATGACAAAGTAGttttt > 2:9039947/1‑140 (MQ=255) gTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttg < 2:10760701/140‑2 (MQ=255) tttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt > 1:1700922/1‑138 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |