| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,768,801 | +G | pseudogene (23/1487 nt) | sufB ← | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,768,801 | 1 | . | G | 99.4% | 1697.5 / 1.0 | 495 | pseudogene (23/1487 nt) | sufB | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base G (241/249); total (242/253) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 522 total aligned reads displayed.
ACTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CA‑TTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCTTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTCCGTG > NZ_CP025268/1768662‑1768934 | aCTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑Ca > 1:2346504/1‑140 (MQ=255)aCTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑Ca > 1:2441767/1‑140 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCCCCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑Cagt < 2:1470405/140‑3 (MQ=255) gCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCt > 1:3937815/1‑140 (MQ=255) gCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCt < 1:2551922/140‑1 (MQ=255) cTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTTCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTGCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCtt > 2:5755362/1‑140 (MQ=255) cTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCtt < 1:4266780/140‑1 (MQ=255) tCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTc < 1:6772676/140‑1 (MQ=255) tCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTc < 1:3745428/140‑1 (MQ=255) tCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTc < 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tACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTa < 1:10001066/140‑1 (MQ=255) cGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTAtt < 2:8608676/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGAACTTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCATTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGCGTGACGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTATTACg < 2:4309581/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGATGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTATTACg < 1:6685151/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTATTACg < 2:8036479/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTATTACg < 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2:1630117/138‑1 (MQ=255) aGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGt > 2:3334607/1‑140 (MQ=255) aGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGt > 1:1669490/1‑140 (MQ=255) aGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCAGTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGt > 2:6736351/1‑140 (MQ=255) aGCGGGCCGCCGGGCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCAGTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGt > 1:4517727/1‑140 (MQ=255) cGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGT‑CAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTcc > 1:312742/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |