| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,786,415 | +C | pseudogene (334/4580 nt) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,786,411 | 1 | . | C | 97.2% | 2920.6 / 64.8 | 860 | pseudogene (338/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/13); new base C (462/373); total (474/386) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 912 total aligned reads displayed.
GCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑CCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786273‑2786545 | gCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c > 2:556803/1‑140 (MQ=255) accaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑cccccgt < 2:1184437/140‑4 (MQ=255) accaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑cccccgt > 2:9662573/1‑137 (MQ=255) caTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑cccccgtca > 1:5479003/1‑135 (MQ=255) caTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑cccccgtca < 1:9899268/140‑6 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATg > 2:7425557/1‑140 (MQ=255) tGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAAtt > 1:2860390/1‑140 (MQ=255) tGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAAtt > 2:8850931/1‑140 (MQ=255) cgTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGa < 2:6613210/139‑1 (MQ=255) aGTATTCCAGTCGCACTCCCTCCCTCTACGAGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGGACAATTGCTGATACCCCCTATATAAACGTCCTGATGGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGa < 2:7641183/140‑1 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACt > 2:9056269/1‑140 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACt > 2:2890426/1‑140 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGt > 2:5417814/1‑140 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGt < 2:5155804/140‑1 (MQ=255) cATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTg < 2:8589921/140‑1 (MQ=255) aTTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGc < 1:2692829/140‑1 (MQ=255) aTTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGc < 2:4652590/140‑1 (MQ=255) ttCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATACACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGcc < 1:382759/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 1:7152024/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCa > 1:8649599/1‑140 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCAcc > 2:9225934/1‑140 (MQ=255) ctccctccCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGtt < 2:5786122/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:7425557/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 2:9835211/140‑1 (MQ=255) ctccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATg < 2:10198707/140‑1 (MQ=255) ctccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATg < 1:10564585/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg > 2:1684607/1‑140 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:6512776/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:6685886/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATGGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:7957525/140‑1 (MQ=255) tctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGt > 2:5049229/1‑140 (MQ=255) tctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGt > 2:6266100/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGTCTGTGTGCAACCGTTTATGGGTGtattg > 2:6106997/1‑139 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 2:1059989/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:3028906/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGAGACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:492644/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 1:5949060/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 1:8986985/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGcc < 1:7006259/115‑1 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCAACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 2:8724430/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCATAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCACCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTTGAAATAA‑CCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTAAATGGTTGTATTATTAGcc > 2:2525655/1‑140 (MQ=255) cGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGcccc > 1:9385074/1‑140 (MQ=255) gCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCca < 1:6186589/140‑1 (MQ=255) cccTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCcac > 2:4229970/1‑140 (MQ=255) ttAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACaaa < 2:1989942/140‑1 (MQ=255) ttAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACaaa < 2:2718876/140‑1 (MQ=255) ttAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGAGTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACaaa < 1:74841/140‑1 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 1:4335674/1‑140 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCCCCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGACCCACAAAATTGTTAt > 1:6348689/1‑140 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTAt > 2:6391847/1‑140 (MQ=255) gTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATg < 1:1203141/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa < 1:3998584/137‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa < 2:4128783/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa > 2:7078582/1‑140 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa > 1:8055458/1‑140 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa < 1:7903649/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa > 1:2547681/1‑140 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa > 1:10327548/1‑140 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc > 1:10178359/1‑140 (MQ=255) ccATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACt > 1:3697295/1‑140 (MQ=255) ccATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACt > 1:5101427/1‑140 (MQ=255) tGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCt < 2:4806473/140‑1 (MQ=255) gCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCAACGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCta > 2:137690/1‑140 (MQ=255) tGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCtata < 1:20977/140‑1 (MQ=255) gATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTatat > 1:3533020/1‑140 (MQ=255) gATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCAGCACCACCAAATTGTTATGACTTCCTatat > 2:9449390/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc < 1:10011118/140‑1 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc > 2:10446005/1‑140 (MQ=255) tACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCt < 1:8763196/140‑1 (MQ=255) tACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCt < 1:8367226/140‑1 (MQ=255) cccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGat < 2:10043171/140‑1 (MQ=255) cccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGat > 1:8875481/1‑140 (MQ=255) cccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGat < 1:2311062/140‑1 (MQ=255) ccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGata < 1:9562412/140‑1 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 2:6855475/1‑140 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:1798983/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:6876258/140‑1 (MQ=255) gTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGAtt < 2:31748/140‑1 (MQ=255) gTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGAtt > 2:2151961/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:3915310/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 1:9686450/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGACCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:3403784/1‑140 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCaa > 2:3565324/1‑140 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCaa > 1:7628054/1‑140 (MQ=255) gATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTATCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATa > 2:1825573/1‑140 (MQ=255) cACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 1:4415647/140‑1 (MQ=255) aCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTc < 1:1529337/140‑1 (MQ=255) tctcGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCa < 1:9250524/140‑1 (MQ=255) tctcGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCa > 1:8183438/1‑140 (MQ=255) ttGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGAt < 1:5259636/140‑1 (MQ=255) ttGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCACCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGAt > 2:4502599/1‑140 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc > 1:3329192/1‑140 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:8554025/140‑1 (MQ=255) cGTACCTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAccc > 1:1997311/1‑140 (MQ=255) ccTGTGGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGcc > 1:4616706/1‑140 (MQ=255) tgtgGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa > 1:7336431/1‑108 (MQ=255) tgGAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCAACCGTTAATTGTTGTATTATTAGACTGCCCAACAAAATTGTTATTACTTCCTATATCTTGATATACACCATATAAAATAAGACTTACAATATATACACCGCCAAGa > 2:7296222/1‑140 (MQ=255) ggAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGaa > 1:9106884/1‑140 (MQ=255) ggAAAT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGaa > 1:565725/1‑140 (MQ=255) aaaT‑ACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACa < 1:10714071/140‑1 (MQ=255) | GCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑CCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786273‑2786545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |