Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 581,201 | T→C | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 ← | class I SAM‑dependent methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 581,201 | 0 | T | C | 99.8% | 2819.3 / NA | 813 | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 | class I SAM‑dependent methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (462/348); minor base A (2/0); total (465/348) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 813 total aligned reads displayed.
ATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTGT > NZ_CP025268/581069‑581337 | gtgtTGCTGAACCGTGTTGATACATCCACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTg < 1:4446567/140‑1 (MQ=255) ttGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAg < 1:5019026/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 2:1599959/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:4798065/140‑1 (MQ=255) 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tagATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCATGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCATAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCATGAAGCGGAAAACATtac > 2:9445098/3‑140 (MQ=255) tACATCTACTGCTCCTGCTATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCCTTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGGTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAATACTGTACTACa < 2:8092807/140‑1 (MQ=255) tACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACa < 1:77471/140‑1 (MQ=255) tACATCAACTGAACCTGATATTGAGTGGCATACGAACCCTGTCAGTGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAATATTACTACa < 2:9792794/140‑1 (MQ=255) aCATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAg < 1:8980791/140‑1 (MQ=255) aCATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCCGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAg < 1:5521502/140‑1 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1:6123440/1‑140 (MQ=255) gAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGaaaa > 2:6194317/1‑140 (MQ=255) gAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTATCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTAAACATTCTCGAAATGCTCAGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTAGGAATCTATAGTGTTTGaaaa > 1:2080111/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAATCGGAAAACATTACTACCGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGGGTTTCGCCTTCTTCGGAATCTTGTGTGTTTGAAAAg > 2:6099882/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGtata < 1:5160551/101‑1 (MQ=255) aaCATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAg > 1:10203692/1‑140 (MQ=255) cATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGAt < 2:6442515/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggttggATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGcc > 1:10582658/6‑135 (MQ=255) ttggATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGTGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCATTTCTGa > 2:1320768/4‑140 (MQ=255) aTGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTGt > 1:1002236/1‑140 (MQ=255) | ATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTGT > NZ_CP025268/581069‑581337 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |