Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,619,609 | T→C | intergenic (‑86/‑15) | sad ← / → yneJ | succinate‑semialdehyde dehydrogenase/LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,619,609 | 0 | T | C | 99.5% | 2192.4 / NA | 632 | intergenic (‑86/‑15) | sad/yneJ | succinate‑semialdehyde dehydrogenase/LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (388/240); minor base A (3/0); total (392/240) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 632 total aligned reads displayed.
CACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCATGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGAAAC > NZ_CP025268/1619472‑1619745 | cACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGATTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGa < 1:7700842/140‑1 (MQ=255) cACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGa > 1:7567463/1‑140 (MQ=255) ccGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATc < 2:1079067/140‑1 (MQ=255) ccGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATc > 2:8729888/1‑140 (MQ=255) ccGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATc < 1:9115431/140‑1 (MQ=255) tGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCTGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAACATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCgag < 2:7827092/140‑1 (MQ=255) tGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCgag > 1:8447234/1‑140 (MQ=255) ggCAGGATTTATCGCAATTGCATGAGGTGCCGGAGTAAGGGTCATCGGGGTCTCTCCTTTAGGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCgaga < 2:2754497/140‑1 (MQ=255) ggCAGGATTTATCGATATTGCATGAGTTGGCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCATATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCgatt < 2:9341402/140‑3 (MQ=255) gaaGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGaa < 2:7160967/138‑1 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(MQ=255) cGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATc < 2:4086862/140‑1 (MQ=255) gAAAGTGCCTGAGTTGCCGGAGTACTGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGAGTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCt < 2:6106046/140‑1 (MQ=255) aagtGCTTGAGTTTCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAATATTCGCAGATTTACTCTTGGTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATAGAGATTGCTATGGATCTGa < 2:9536928/137‑1 (MQ=255) aaTTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGa > 1:9672164/1‑140 (MQ=255) aTTGCATGAGTTGCCGGAGTAGTGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGAc > 1:5397673/1‑140 (MQ=255) aTTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGTCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGAc > 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gacGGATTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATTAGTCAGGGTATGAAGTTAAGAATATTTAATCTTGATTTAAAATGTCTAATATTAATCCACTTATTAAAGATTCGAGAATGCTATTGATCTGTCACAACTGgagtg > 2:1693202/3‑138 (MQ=255) ccGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATg < 2:5296039/140‑1 (MQ=255) aGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCa > 2:4914947/1‑140 (MQ=255) tAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAAc > 2:2682782/1‑140 (MQ=255) ggTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCgg < 2:1440670/140‑1 (MQ=255) aTCGGGGTATCGCCTTTATTAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGTATCATATTAATCCTATTATTGTCGAATCGAGAAGGCGATGGAGATGAGCCAGCTGGAGATGGTCAACGCGGtggg > 2:8171828/1‑137 (MQ=255) cGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCg > 1:10408039/1‑140 (MQ=255) cGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCg > 1:2173124/1‑140 (MQ=255) gggTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGaa < 2:4349371/140‑1 (MQ=255) aTCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga > 2:6446710/1‑87 (MQ=255) aTCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga < 1:6446710/87‑1 (MQ=255) aTCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTg < 1:4751661/140‑1 (MQ=255) tctcCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTgg < 1:5172728/140‑1 (MQ=255) tctcCTTTATGAGTCATGGTACGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTgg < 2:395124/140‑1 (MQ=255) ctcCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAATCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCATCGCGGTTGACGAAGATGgc > 2:5894827/1‑140 (MQ=255) cTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGgcagc < 2:2858945/140‑1 (MQ=255) tttATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGACGCTGgcagct > 1:9543665/1‑139 (MQ=255) tttATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGgcagca < 2:3855230/140‑1 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(MQ=255) tttAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAAt < 2:1547050/140‑1 (MQ=255) tttAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAAt < 2:8037092/140‑1 (MQ=255) tAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAAtct < 1:2878203/140‑1 (MQ=255) aaGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTgcgc < 1:4071784/140‑1 (MQ=255) aaGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTgcgc < 2:2992261/140‑1 (MQ=255) aGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGcc > 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |