| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,625,027 | A→G | *73* (TAA→TAG) | marB → | multiple antibiotic resistance protein MarB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,625,027 | 0 | A | G | 99.6% | 2468.6 / NA | 712 | *73* (TAA→TAG) | marB | multiple antibiotic resistance protein MarB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (359/350); minor base T (1/2); total (360/352) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 712 total aligned reads displayed.
GTTGTTACTTCTTGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGT > NZ_CP025268/1624890‑1625163 | ttACTTCTTGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGtt < 2:7510915/140‑1 (MQ=255) ttACTTCTTGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGtt < 2:4950419/140‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTGCCAATGACGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACAGGCAGTGATAAGTCGGATTCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCt > 2:1070679/1‑140 (MQ=255) cttcttGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTg > 1:926476/1‑140 (MQ=255) tcttGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCAACGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGc < 2:7394514/140‑1 (MQ=255) gtgtgCCACTGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCCCCGTATGATTTACATCACATGGGTAGTGGCAGGGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTAGTCTAATCCACACGCTATGTAGTTTGGTCTGGccc > 2:9276869/2‑140 (MQ=255) tgCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGa > 1:10898408/1‑140 (MQ=255) tgCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGa < 1:4930624/140‑1 (MQ=255) ccAACGTCGTGGTTGTTCCCCCAACGCAGGAACACCCACCGATTGATATAACTCCCCTGGGTACTGGAAGGTATATGTCTGATTCTCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACa < 2:8270244/140‑1 (MQ=255) aaTGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACAtc > 1:9464161/1‑140 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1:9116101/1‑140 (MQ=255) aTCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTccc < 1:159252/140‑1 (MQ=255) tCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCa > 1:4309558/1‑140 (MQ=255) accGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTa > 1:4108309/1‑140 (MQ=255) gTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTCACTTCCCACCTATACCGCTTTACGc > 2:10522968/1‑140 (MQ=255) gTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGc > 2:4352969/1‑140 (MQ=255) 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aTCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAg > 1:10633199/1‑140 (MQ=255) tCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGa > 2:5274008/1‑140 (MQ=255) tCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGa < 1:5818684/140‑1 (MQ=255) aaCACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGAcc > 2:5102151/1‑140 (MQ=255) cacGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCg > 2:7854258/1‑140 (MQ=255) cacGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCg > 1:10421229/1‑140 (MQ=255) cacGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCg > 1:6321278/1‑140 (MQ=255) cacGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCg > 1:6717056/1‑140 (MQ=255) cacGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGAAGAccag > 2:6330750/1‑138 (MQ=255) gCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTa > 1:825173/1‑140 (MQ=255) tGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCg > 2:1923356/1‑140 (MQ=255) | GTTGTTACTTCTTGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAATTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGT > NZ_CP025268/1624890‑1625163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |