| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,747,394 | A→G | intergenic (+14/+26) | cfa → / ← ribE | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase/riboflavin synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,747,394 | 0 | A | G | 99.8% | 1546.0 / NA | 446 | intergenic (+14/+26) | cfa/ribE | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase/riboflavin synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (214/231); minor base T (0/1); total (214/232) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 446 total aligned reads displayed.
CTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGC > NZ_CP025268/1747257‑1747530 | cTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGcc < 1:2754915/140‑1 (MQ=255)cTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGcc < 2:10891860/140‑1 (MQ=255) ttAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGcccc < 2:2963746/140‑1 (MQ=255) tAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGccccc > 1:7283237/1‑140 (MQ=255) tGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCggg > 2:887462/1‑140 (MQ=255) tGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCggg > 1:10853928/1‑140 (MQ=255) tGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGAGTTCTCACGCGGTGTTGATAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCggg > 2:6651253/1‑140 (MQ=255) tttACCTATTATCTGAAAGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCggggg > 1:9102413/1‑140 (MQ=255) ttACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGc < 2:4889370/140‑1 (MQ=255) ttACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGc < 2:9285430/140‑1 (MQ=255) ttACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGc < 1:4905873/140‑1 (MQ=255) ttatCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCa > 2:3982787/1‑140 (MQ=255) atCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa < 2:31256/140‑1 (MQ=255) atCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa > 2:8209401/1‑140 (MQ=255) atCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa > 1:6853048/1‑140 (MQ=255) atCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGAGTTCAgt > 2:10527717/1‑139 (MQ=255) atCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGGGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa < 2:7071810/140‑1 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAgg > 1:10144/1‑140 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAgg < 1:3351913/140‑1 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAgg > 1:9658864/1‑140 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAgg < 2:8303777/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtgCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCtg > 1:5234438/1‑140 (MQ=255) tgtgCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGATTCtg > 1:4409164/1‑140 (MQ=255) tgCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCtgtg > 2:170744/1‑140 (MQ=255) gCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGc < 1:9274825/140‑1 (MQ=255) gCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGc < 1:9936902/140‑1 (MQ=255) gCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGc < 1:194135/140‑1 (MQ=255) gCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGGGc < 2:2677009/140‑1 (MQ=255) gCAGGTGCTTGCCGCGCCCGTGAGATTCAGCTCTGGCTGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAACACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTACAGGCGATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGc < 2:7894778/140‑1 (MQ=255) cAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGcc > 1:6982560/1‑140 (MQ=255) ggTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTg > 1:4733690/1‑140 (MQ=255) gTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTgg > 2:3257306/1‑140 (MQ=255) tGATATTCAGCTCAGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGAGCCTGGTTGATTCATGGCAttt > 2:2356437/1‑140 (MQ=255) cAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTg < 2:9124395/140‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCACACGCGCAGATGACAACCGCCAACGAGAGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCCTATCAGACTTCTGAGCCTGCATGAGACAAGGCATTTTCTCGtc > 2:1929964/1‑139 (MQ=255) gCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgcc > 2:6875687/1‑140 (MQ=255) gCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGGGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTCTTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGAGCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGTTTCATGGCATTTTCTCGTgcc > 2:5814633/1‑140 (MQ=255) ctctGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTgccg > 1:812020/1‑140 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(MQ=255) tGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACt < 2:10803601/140‑1 (MQ=255) aaaCGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGcc < 1:8005982/140‑1 (MQ=255) aaaCGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGcc < 1:5038041/140‑1 (MQ=255) aCGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTg > 1:8344596/1‑140 (MQ=255) ggCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAg > 1:4068661/1‑140 (MQ=255) ggCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAg > 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tCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTtgt > 1:1141133/1‑140 (MQ=255) gAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTgg > 1:2375460/1‑140 (MQ=255) gTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGAt < 1:1823960/140‑1 (MQ=255) tGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATc < 2:2239416/140‑1 (MQ=255) cGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGAttt < 1:2307942/140‑1 (MQ=255) cGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGAttt < 1:2037759/140‑1 (MQ=255) cTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGATTTCa < 1:2946132/140‑1 (MQ=255) cTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTGTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGATTTCa < 2:3413789/140‑1 (MQ=255) ggCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGATTTCAATGtt > 1:1520352/1‑140 (MQ=255) gCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGATTTCAATGTTg > 2:862173/1‑140 (MQ=255) aTTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGAcg > 1:5964171/1‑140 (MQ=255) | CTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGC > NZ_CP025268/1747257‑1747530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |