| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,766,333 | A→G | C92R (TGT→CGT) | sufD ← | Fe‑S cluster assembly protein SufD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,766,333 | 0 | A | G | 99.7% | 2478.3 / NA | 707 | C92R (TGT→CGT) | sufD | Fe‑S cluster assembly protein SufD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (303/402); minor base T (0/2); total (303/404) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 707 total aligned reads displayed.
CACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACACCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTCA > NZ_CP025268/1766196‑1766469 | cACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGcc > 1:10355915/1‑140 (MQ=255)cACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGcc > 2:4757175/1‑140 (MQ=255)cACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTNGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGcc > 1:5887184/1‑140 (MQ=255)cACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCGCACGTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCAGCGCTCAGTGCGGGCCCGTAACGcc > 2:10672637/1‑140 (MQ=255) cGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCa < 1:8263092/140‑1 (MQ=255) gCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCAt < 2:7056159/140‑1 (MQ=255) gCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCAt > 1:2062646/1‑140 (MQ=255) gCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCAt < 1:3228196/140‑1 (MQ=255) ttGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGa < 2:4232128/140‑1 (MQ=255) ttGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGa < 1:37296/140‑1 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gTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGATAAGGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCAACGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCAc < 2:8697213/140‑1 (MQ=255) tCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACg < 1:2849163/140‑1 (MQ=255) tCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACg < 2:768922/140‑1 (MQ=255) tCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACg < 2:9621172/140‑1 (MQ=255) tCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACg < 1:5519738/140‑1 (MQ=255) tCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACg < 2:4119838/140‑1 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tAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCGGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCa < 2:4966866/140‑1 (MQ=255) gCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACg < 1:6643384/140‑1 (MQ=255) gCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACg < 1:6095708/140‑1 (MQ=255) gCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACg < 1:1704908/140‑1 (MQ=255) gCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACg < 2:445806/140‑1 (MQ=255) cGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACgc > 2:2186496/1‑140 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1:6415583/1‑140 (MQ=255) aaCCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTggg < 2:594838/140‑1 (MQ=255) ccTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGat > 2:2001642/1‑140 (MQ=255) tGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGatat < 2:2896177/140‑1 (MQ=255) gACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATAtc > 1:5330632/1‑140 (MQ=255) cGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACTCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATAtctc < 1:3809856/140‑1 (MQ=255) 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CACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACACCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTCA > NZ_CP025268/1766196‑1766469 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |