Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,798,989 | T→C | *327* (TAA→TAG) | btuC ← | vitamin B12 ABC transporter permease BtuC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,798,989 | 0 | T | C | 99.5% | 2233.1 / NA | 647 | *327* (TAA→TAG) | btuC | vitamin B12 ABC transporter permease BtuC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (344/299); minor base A (2/1); total (347/300) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 647 total aligned reads displayed.
ACCGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGCCCCTG > NZ_CP025268/1798852‑1799125 | cGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGCTAAc > 1:10714174/1‑140 (MQ=255) gCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCGTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTGAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGCTAACGt > 1:6003140/1‑140 (MQ=255) cGAACTTCTCCAGCGTTGTCACTTCACAGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGCTAACGTc < 2:8509775/140‑1 (MQ=255) aaCTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGCTAACGTCCt > 1:10041953/1‑140 (MQ=255) 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ACCGGCGAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGCCCCTG > NZ_CP025268/1798852‑1799125 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |