| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,077,264 | C→T | R563W (CGG→TGG) | agn43 → | autotransporter adhesin Ag43 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,077,264 | 0 | C | T | 99.8% | 3150.8 / NA | 828 | R563W (CGG→TGG) | agn43 | autotransporter adhesin Ag43 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (487/338); minor base G (1/1); total (488/340) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 828 total aligned reads displayed.
CACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAA > NZ_CP025268/2077128‑2077400 | cACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGa < 2:7742942/140‑1 (MQ=255) cgctgacgctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAat > 1:8662039/1‑140 (MQ=255) gctgaACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCCTAGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGCATATCCCCg > 2:6809948/1‑140 (MQ=255) aaCGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATaa < 2:3533636/140‑1 (MQ=255) aaCGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATaa < 1:136439/140‑1 (MQ=255) aCAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGcc > 1:10650698/1‑140 (MQ=255) cAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCa < 2:5488804/140‑1 (MQ=255) cAGTACCGTCACCACGGAAGACATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCAGTGACCCCTCGAATGTCACTCACGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCa < 2:7026519/140‑1 (MQ=255) gTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACg < 1:5626392/140‑1 (MQ=255) tACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACgg > 1:67086/1‑140 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acGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCggt < 2:8495661/140‑1 (MQ=255) ttGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGACACTCTCGCCTCAGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCCCGGTGCAGTCGggggtg > 2:7259872/2‑140 (MQ=255) tGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGtggtgg < 2:10501456/140‑1 (MQ=255) tGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGtggtgg < 1:4214452/140‑1 (MQ=255) gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa > 2:4890852/1‑140 (MQ=255) gTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGa < 1:223140/140‑1 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tcGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAAc > 1:4371372/1‑140 (MQ=255) tcGCCTCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAAc > 1:3574790/1‑140 (MQ=255) tCCGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGaa < 1:7234081/140‑1 (MQ=255) ccGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAAc > 1:203103/1‑140 (MQ=255) cGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACg > 2:3205803/1‑140 (MQ=255) cGGTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACg > 2:5350178/1‑140 (MQ=255) gTGCCACCTGGACGATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 2:3337750/140‑1 (MQ=255) gTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 1:5191149/140‑1 (MQ=255) gTGCCACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGa < 1:9661521/140‑1 (MQ=255) ccACCTGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAg > 1:9970422/1‑140 (MQ=255) | CACGCTGACGCTGAACGACAGTACCGTCACCACGGATGTCATTGCTCAGCGCGGTACAGCCCTGAAGCTGACCGGCAGCACTGTGCTGAACGGTGCCATTGACCCCACGAATGTCACTCTCGCCTCCGGTGCCACCCGGAATATCCCCGATAACGCCACGGTGCAGTCGGTGGTGGATGACCTCAGCCATGCCGGACAGATTCATTTCACCTCCACCCGCACAGGGAAGTTCGTACCGGCAACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAA > NZ_CP025268/2077128‑2077400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |