| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,118,541 | T→C | *465* (TAA→TAG) | wcaM ← | colanic acid biosynthesis protein WcaM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,118,541 | 0 | T | C | 99.7% | 3554.8 / NA | 1019 | *465* (TAA→TAG) | wcaM | colanic acid biosynthesis protein WcaM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (456/560); minor base A (2/1); total (458/561) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1019 total aligned reads displayed.
CTTGTTCGATTTTTTTCGCCAGCATCAATTACCCTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATG‑AACATTTGCAAGAGACAGCAGTGTTTCTT > NZ_CP025268/2118404‑2118677 | cgtGTTCGATTTTTTTCGCCAGCATCAATTACCCTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGATTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTGCTAAGTATGACTCCAGTGTTCCCTGTATGGTCGCAAATCTa > 2:1958537/3‑140 (MQ=255) ctGTTCGATATTTTTCGCCAGCATCAATTACCCTCAATTGATCACTGAATTACTTGTGCTGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATCTAc < 1:6689105/139‑1 (MQ=255) tGTTCGATTTTTTTCGCCAGCATCAATTACCCTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATCTa < 1:3020032/138‑1 (MQ=255) tGTTCGATTTTTTTCGCCAGCATCAATTACCCTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATCTACt > 2:1743348/1‑140 (MQ=255) 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2:2482445/140‑1 (MQ=255) tgTCGCAAATCTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATATTCTCAACATTAACGATATTGAGAGTAATGGTGACGATATAGACGGAGCTTTTGCGTTTTGACTTCACAGCAAGTAACA‑TTGCACGAGACAGAAgt > 2:7321657/2‑140 (MQ=255) ggTCGCAAATCTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATG‑AACATTTGCAAGAGACAGCAgt < 2:2781655/140‑1 (MQ=255) gTCGCAAATCTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATG‑AACATTTGCAAGAGACAGCAgtg > 1:7293976/1‑140 (MQ=255) | CTTGTTCGATTTTTTTCGCCAGCATCAATTACCCTGAATTGATTACTGAATTACTTGTGATGTTACGCCGCTTCGTTGTGGATTGCAGTAGCATTGTTCCTAAGTATGACTCCATTTTTCCAGGAATGGTCGCAAATTTACTCCCTCAGTTCCGGCAATCTAAAGTTAATCTTCTCCACATTAACAATATGGTGATTAATCCTGTCGATATCGACGGAGCTTTGTCCTTTTTCATTCACCGCATG‑AACATTTGCAAGAGACAGCAGTGTTTCTT > NZ_CP025268/2118404‑2118677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |