| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,173,732 | T→C | pseudogene (477/477 nt) | CXP41_RS11545 ← | DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,173,732 | 0 | T | C | 99.9% | 2863.8 / NA | 816 | pseudogene (477/477 nt) | CXP41_RS11545 | DeoR/GlpR family DNA‑binding transcription regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (512/303); minor base A (1/0); total (513/303) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 816 total aligned reads displayed.
TACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATATTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAATTTCGAT > NZ_CP025268/2173595‑2173867 | cTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGATCCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTaca < 1:8202452/140‑1 (MQ=255) cTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTaca < 2:3044149/140‑1 (MQ=255) ccGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGGTAATCAAACTATTCGCTCTTGAACCAGTGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAATCACCGGATCCGGCATACAGAACAATACTACACCg > 2:5343788/1‑140 (MQ=255) ggCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGta > 2:6840238/1‑140 (MQ=255) 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NZ_CP025268/2173595‑2173867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |