| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,186,098 | A→G | *322* (TAA→TAG) L241L (TTA→CTA) |
yegV → yegW ← |
carbohydrate kinase family protein GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,186,098 | 0 | A | G | 99.8% | 2151.0 / NA | 620 | *322* (TAA→TAG) L241L (TTA→CTA) | yegV yegW | carbohydrate kinase family protein GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (309/310); minor base T (1/0); total (310/310) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 620 total aligned reads displayed.
GCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAATTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAAATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGACTGAAACTCGGCATCCGGCATCCGGGCG > NZ_CP025268/2185961‑2186234 | gCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGAt > 1:7899425/1‑140 (MQ=255) cGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCg > 1:116948/1‑140 (MQ=255) ggCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCt < 1:872429/140‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTg > 1:5502341/1‑140 (MQ=255) ggCCTCTGGTCTGCCACTGGTGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGa > 2:7487607/1‑140 (MQ=255) ggCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGa > 1:7031211/1‑140 (MQ=255) ggCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGa < 1:3775867/140‑1 (MQ=255) ggCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGa < 1:3269459/140‑1 (MQ=255) ccTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACa < 1:7375724/140‑1 (MQ=255) ccTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACa < 1:9890211/140‑1 (MQ=255) ccTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACa < 1:3917703/140‑1 (MQ=255) ccTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTAGAGATCGCTGCGACa < 2:6774800/140‑1 (MQ=255) ggTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGc < 1:2448160/140‑1 (MQ=255) ggTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGc < 2:4829424/140‑1 (MQ=255) ggTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGc < 2:8150101/140‑1 (MQ=255) ggTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGc < 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tGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAAt > 1:485798/1‑140 (MQ=255) gCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATg < 1:4412070/140‑1 (MQ=255) cACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCt < 1:1441829/140‑1 (MQ=255) aCTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTg < 2:2037317/140‑1 (MQ=255) cTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGt < 2:6246898/140‑1 (MQ=255) tGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTa < 1:6767022/140‑1 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tGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCCTCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCa > 2:90911/1‑140 (MQ=255) tGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTTCTCGTGGCACCCAAAAACGTATTGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCGATGGGGCGTTGATGTTGGTCa > 2:1784666/1‑140 (MQ=255) tGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAATCGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCa > 2:2759076/1‑140 (MQ=255) tGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCa > 2:5053615/1‑140 (MQ=255) tGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCa > 2:2299814/1‑140 (MQ=255) tGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAACTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCa > 1:8522112/1‑140 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1:829348/138‑1 (MQ=255) ctcctcGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCGAACTGAATATGTGACTGAAACt < 2:435456/140‑1 (MQ=255) cGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGACTGAAACTcggca > 2:8564940/1‑140 (MQ=255) cGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGACTGAAACTcggca > 2:5525776/1‑140 (MQ=255) cGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGACTGAAACTcggca > 2:10216890/1‑140 (MQ=255) cGCACACAAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTAGTTTGCTAGCTAACTGAATATGTGACTGAAACTcggca > 2:5711299/1‑140 (MQ=255) cacacaAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGACTGAAACTcggcatc > 1:6085695/1‑140 (MQ=255) acacaAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGACTGAAACTcggcatcc > 1:9768952/1‑140 (MQ=255) cacaAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGACTGAAACTcggcatccg < 2:6473866/140‑1 (MQ=255) caAAAACGTATAGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCACTAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATGTTGCGATCTAACTGAATATGTGACTGAAACGcggcctccggc > 2:6026682/1‑140 (MQ=255) ataGATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGACTGAAACTCGGCATCCGGCATCCGGgcg > 1:6388789/1‑140 (MQ=255) | GCCGGGCTGGCCTCTGGTCTGCCACTGGCGGATGCCGTATTACTGGGCAATGCAGTGGCGTCGTGGGTTGTCGGGCATCGGGGCGGTGATTGTGCGCCAACGCGCGAGGAATTACTCCTCGCACACAAAAACGTATAAATCGCTGCGACAGTGGCTAATGCTGTACTCAATAGGCCGTTGCTGTTGGTCAAGCGCCACTTGCTTGATCACCAGCACCGGTATTTTGCTATCTAACTGAATATGTGACTGAAACTCGGCATCCGGCATCCGGGCG > NZ_CP025268/2185961‑2186234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |