| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,385,598 | C→T | intergenic (‑20/‑45) | elaA ← / → rbn | GNAT family N‑acetyltransferase/ribonuclease BN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,385,598 | 0 | C | T | 99.3% | 2292.2 / NA | 603 | intergenic (‑20/‑45) | elaA/rbn | GNAT family N‑acetyltransferase/ribonuclease BN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (357/242); minor base A (3/1); total (360/243) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 609 total aligned reads displayed.
CGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGCATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCC > NZ_CP025268/2385461‑2385733 | cGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGatgtat > 2:5291449/1‑140 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATCAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCATTCTTACTGCTCTCCTGGTAGatggatgcg > 2:8641376/1‑139 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 1:5442829/140‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 1:1616268/140‑1 (MQ=255) tatCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGcc < 1:7449319/140‑1 (MQ=255) cTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTtat > 1:8500210/1‑140 (MQ=255) ctAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAATCACCGCGCAACGCTGTTGTCATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCGGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCGTTTAGATGTATGCCTTGTACt > 2:1662070/2‑140 (MQ=255) aTAAGGTCTATTCTGCTCGTCAACAATCTCCGCGCAAAGCTGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATTATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACt < 1:1340501/140‑1 (MQ=255) tAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACtc > 1:2168912/1‑139 (MQ=255) aaGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAg > 1:9583027/1‑140 (MQ=255) ggCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCg > 1:8173655/1‑140 (MQ=255) cAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTCTGCCTTATACTAGCCGGa > 1:995093/1‑140 (MQ=255) ttCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAata > 2:5963758/1‑140 (MQ=255) cTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATAttttt > 1:286456/1‑140 (MQ=255) cTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATAttttt > 2:565095/1‑140 (MQ=255) cTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATAttttt > 2:1072652/1‑140 (MQ=255) cTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATAttttt > 1:4102007/1‑140 (MQ=255) cTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATAtgttt > 1:4917610/1‑140 (MQ=255) aaacaCCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGtg < 1:3768971/140‑1 (MQ=255) acCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGACTCTTTTTTGAAACGtgttga > 2:8110936/1‑140 (MQ=255) cgcgCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGTAACGTGATGAAc > 2:469430/1‑140 (MQ=255) cgcgCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAAc > 2:7747293/1‑140 (MQ=255) cgcgCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAAc > 2:10896960/1‑140 (MQ=255) cgcgAAACGCAGTTGTAATAAGGCCTAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTAGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTGTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTGTGAAACGTGATGAAc > 2:2173665/1‑140 (MQ=255) gcgcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTCTACTAGCCGGACTATTTTTTGAAACGTGATGAACt > 1:7741671/1‑140 (MQ=255) gcgcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACt > 2:6478368/1‑140 (MQ=255) cgcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTc > 2:4196473/1‑140 (MQ=255) gcAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCa > 2:9814820/1‑140 (MQ=255) ttGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGaattaa > 2:4365320/1‑140 (MQ=255) ataaGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTCTACTAGCCGGAATATTGTTTGAACCGTGATGACCTCATGGACTTAAttttg > 2:4597879/1‑139 (MQ=255) ataaGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAAttttt > 2:518549/1‑140 (MQ=255) aGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATTCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCATTTAGATGTATGCCTAATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTa > 2:2625607/1‑140 (MQ=255) aGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTa > 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agagTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCa > 1:10427836/1‑140 (MQ=255) gagTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCAc > 1:3904755/1‑140 (MQ=255) agTGATGCAGATCTTGCCCTTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTCTGCCGTATACTAGCCGGACTATTTTTTGACACGTGTGGACCGCCGGGTATTAATTTTGTTTGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAAcccgcccg > 2:306170/1‑140 (MQ=255) agTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCAcg > 1:4485399/1‑140 (MQ=255) agTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCAcg < 1:10788861/140‑1 (MQ=255) agTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCAcg < 2:4028691/140‑1 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aaTCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGc < 1:7225575/140‑1 (MQ=255) aaTCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGc < 1:6608496/140‑1 (MQ=255) aTCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCt > 2:6385768/1‑140 (MQ=255) cATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATTGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCACTATTGCTTa < 2:1794434/140‑1 (MQ=255) aTAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTaa < 2:3627484/140‑1 (MQ=255) ctctCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCa > 1:1741065/1‑140 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2:8839162/1‑140 (MQ=255) ctcCTGTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGAGGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATGGCTTAACCTGCGAc > 1:10030329/1‑140 (MQ=255) tcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACa > 1:5163521/1‑140 (MQ=255) tcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACa > 1:9301928/1‑140 (MQ=255) tcCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACa > 1:6345614/1‑140 (MQ=255) ccTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACAt < 2:7236714/140‑1 (MQ=255) ttAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGa > 1:3953294/1‑140 (MQ=255) aGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGAcc > 2:1180958/1‑140 (MQ=255) aGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGAcc > 1:6963430/1‑140 (MQ=255) | CGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGCATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCC > NZ_CP025268/2385461‑2385733 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |