| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 255,488 | G→A | R20C (CGT→TGT) | pepD ← | cytosol nonspecific dipeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 255,488 | 0 | G | A | 99.8% | 3114.7 / NA | 814 | R20C (CGT→TGT) | pepD | cytosol nonspecific dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (429/381); minor base T (2/0); total (433/381) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 814 total aligned reads displayed.
ACCTGCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACGGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACA > NZ_CP025268/255354‑255624 | aacTGCGGTATCAGGTTTACGAATCAGTATATTACCTACCTGATCGCGTTCTAAATGGAAAACTTTATCTTATGCACAACCAACAAAGTATTCAGAGAGTTGATCTTCATTATAGGACGTGTGAGGAATAGAAAAGAttt > 2:223800/3‑140 (MQ=255) cgCGGTAGCAGTTTTACGAATCAGTATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTgg < 2:5979884/139‑1 (MQ=255) cGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCa > 1:7470435/1‑140 (MQ=255) tAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCaaaa < 1:2775331/140‑1 (MQ=255) gTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGTAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACATATTTTGGCAAAAATATcc < 1:1384660/140‑1 (MQ=255) tACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCcac < 2:4851981/140‑1 (MQ=255) cGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAg < 1:5652288/140‑1 (MQ=255) gAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGc < 1:9808469/140‑1 (MQ=255) cAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGACTAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCt > 2:10653986/1‑140 (MQ=255) cAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCt > 1:2149072/1‑140 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(MQ=255) gTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTc > 2:2390491/1‑140 (MQ=255) aGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGGGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAac > 2:9724046/1‑140 (MQ=255) ggAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAaca < 1:643917/140‑1 (MQ=255) ggAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAaca > 1:7113960/1‑140 (MQ=255) ggAAAAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAaca < 1:3550877/140‑1 (MQ=255) tAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCTGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAg < 1:9286800/140‑1 (MQ=255) gAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAc < 1:4149712/140‑1 (MQ=255) gAACAGATTTTGGAAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGAAAAACAGTATAGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAc > 2:8709869/1‑140 (MQ=255) aaCAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACAGGTTAAGTCTCATTGTCGATCACCCGCAATACAGTATTGCAGGTGACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCATCACTAGAcc > 2:7349348/1‑139 (MQ=255) | ACCTGCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACGGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACA > NZ_CP025268/255354‑255624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |