| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,037,850 | C→T | A246T (GCG→ACG) | prfB ← | peptide chain release factor 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,037,850 | 0 | C | T | 99.4% | 2423.3 / NA | 643 | A246T (GCG→ACG) | prfB | peptide chain release factor 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (372/265); minor base A (1/3); total (374/269) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 654 total aligned reads displayed.
CATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGCGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCTTTTACGCACCAGG > NZ_CP025268/3037713‑3037986 | cATCTGCTTCATGGCCGGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGTcgtgc > 2:8605200/1‑140 (MQ=255) aTCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGAcgtgcg < 2:5716172/140‑1 (MQ=255) ttCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAAc > 1:215259/1‑140 (MQ=255) ttCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAAc > 2:10564924/1‑140 (MQ=255) cATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGt > 2:3497589/1‑140 (MQ=255) cATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGt < 1:3886424/140‑1 (MQ=255) cATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGt > 1:4758836/1‑140 (MQ=255) aTGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTc < 1:3019805/140‑1 (MQ=255) tGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCa < 2:6387725/140‑1 (MQ=255) ccTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATg < 2:848115/140‑1 (MQ=255) tCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAg < 2:3332154/140‑1 (MQ=255) tGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATcc > 2:2421744/1‑140 (MQ=255) tGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATcc > 1:5381792/1‑140 (MQ=255) tgtgCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCggg < 1:703013/140‑1 (MQ=255) gAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTc < 2:8216415/140‑1 (MQ=255) aaCGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCg > 1:9895219/1‑140 (MQ=255) aaCGGTCGTTCTGGAACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGAGCTGACCGCCCGCGCCGGACGAGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCg < 2:2685423/140‑1 (MQ=255) cGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGat < 2:5343180/140‑1 (MQ=255) cGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGat < 1:3756767/140‑1 (MQ=255) cGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGat < 1:10848924/140‑1 (MQ=255) cGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGat < 1:1630271/140‑1 (MQ=255) ggTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGata > 1:247872/1‑140 (MQ=255) ggTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGata > 2:478054/1‑140 (MQ=255) ggTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAAAACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGTGTTGATTTCGata > 1:9145990/1‑140 (MQ=255) tCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGatatc > 1:7182259/1‑140 (MQ=255) tCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGatatc > 1:8043970/1‑140 (MQ=255) gCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCGATatcat > 2:5863263/1‑140 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tCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGa < 1:644327/140‑1 (MQ=255) tCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGa > 1:10597241/1‑140 (MQ=255) tCCCGGTCGGGATGTGGGTAAGACGCACCGCAGAGTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGa < 2:9511971/140‑1 (MQ=255) ccGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGAtc > 2:9020471/1‑139 (MQ=255) ccGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATa > 1:2737620/1‑140 (MQ=255) ccGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATa < 1:9706380/140‑1 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gggATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATaaacaaa > 2:10363193/1‑140 (MQ=255) gATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAAcg < 1:8236273/140‑1 (MQ=255) gATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAAcg > 2:1740069/1‑140 (MQ=255) gATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAAcg < 2:1506305/140‑1 (MQ=255) tgtgGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGAGGTGCTATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATAAATATCATCATAAACTTCCGTATAAACAAAcgcg < 1:6789244/140‑1 (MQ=255) tgtgGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAAcgcg < 2:4942318/140‑1 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(MQ=255) cccgcGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCtttt > 2:3003329/1‑140 (MQ=255) cgcgCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGAGTTCGATAGCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAACCGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCTTTTAc < 2:10701703/140‑1 (MQ=255) gcgcCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAGCAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCTTTTACg < 2:7556591/140‑1 (MQ=255) gcCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCTTTTACGCa < 1:10036227/140‑1 (MQ=255) | CATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGCGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGAGCTGAACGACGTGTGGCGACGACCGCCGGAGTCAAACGGGCTTTTACGCACCAGG > NZ_CP025268/3037713‑3037986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |