| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,038,677 | T→C | *578* (TAA→TAG) | recJ ← | single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 3,038,677 | 0 | T | C | 99.7% | 2028.9 / NA | 584 | *578* (TAA→TAG) | recJ | single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (344/238); minor base A (1/1); total (345/239) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 584 total aligned reads displayed.
TCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGTTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCAA > NZ_CP025268/3038540‑3038813 | tCCGTTAGGTCCTGAATGCGATTATTTAACGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATATGAGAGGGATTGTACCCAATCAACGCTCTTTTTGATAGAGAAGATGACGCTa > 2:8694035/1‑140 (MQ=255) cGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTaaa < 1:7942151/140‑1 (MQ=255) gTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAAt > 1:2696282/1‑140 (MQ=255) ccTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAg > 1:6123314/1‑140 (MQ=255) ccTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAg > 1:1911171/1‑140 (MQ=255) tGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGat > 1:10421101/1‑140 (MQ=255) gAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGata < 2:1911171/140‑1 (MQ=255) aaTGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACAGGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGatat > 2:1586161/1‑140 (MQ=255) gATTATTTACCGGCTTAATTTCAATCATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAATAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCg > 2:9030493/1‑140 (MQ=255) gATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGc > 1:1463991/1‑128 (MQ=255) gATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGc < 2:1465193/128‑1 (MQ=255) gATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGc < 2:4810827/128‑1 (MQ=255) gATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCg > 1:9385135/1‑140 (MQ=255) gATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCg > 2:3844255/1‑140 (MQ=255) attattTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCga < 1:221440/140‑1 (MQ=255) tttACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCgatgat > 1:3843132/1‑140 (MQ=255) 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agaagaTGACGCTAACTTGGCCAGATATGGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 2:9750653/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCTGATATTTTCGATGATATTTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAATCTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGAGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 1:9151044/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCa < 2:7830804/122‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCa > 1:7830804/1‑122 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAggg < 1:5051094/127‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 2:5046485/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 2:2857508/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt > 1:2980338/1‑140 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt > 1:10212053/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 2:7578806/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 2:245174/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 2:1791723/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaa > 1:4750579/1‑140 (MQ=255) aagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGAAGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTAGCGACAGTaa > 2:7167598/1‑140 (MQ=255) agaTGTCGCTAAATTGGCTAGATATTTTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCTCTAAACTCGTTGATATAGTGCTTATAAGACATTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCGTGAGGGCGGTATCGACATTaaa < 2:7438894/140‑1 (MQ=255) agaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaaa < 1:4245804/140‑1 (MQ=255) | TCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGTTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCAA > NZ_CP025268/3038540‑3038813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |