| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,096,538 | C→T | A283T (GCA→ACA) | yggR ← | type IV pilus twitching motility protein PilT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,096,538 | 0 | C | T | 99.8% | 2314.3 / NA | 607 | A283T (GCA→ACA) | yggR | type IV pilus twitching motility protein PilT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (339/266); minor base A (0/1); total (340/267) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 622 total aligned reads displayed.
ACGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGCGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATCCACC > NZ_CP025268/3096401‑3096674 | cGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGtt > 2:6316923/1‑140 (MQ=255) cGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGtt > 2:8296274/1‑140 (MQ=255) gTCACCAACGCCCCTCCCCCACCCGGGGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTGGAATCACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCCCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTa < 2:10222749/140‑1 (MQ=255) tCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTaa > 2:344619/1‑140 (MQ=255) caAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCa < 1:4486573/140‑1 (MQ=255) aaaCGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGGGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAg > 1:6680769/1‑140 (MQ=255) aaaCGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTGATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCGTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAg > 1:158448/1‑140 (MQ=255) aaCGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGc < 1:5277054/140‑1 (MQ=255) cccTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAAtt > 1:4670407/1‑140 (MQ=255) cTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCa < 1:5427076/140‑1 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cgcgGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAAt < 1:10790006/140‑1 (MQ=255) cgGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATcc < 2:2845913/140‑1 (MQ=255) gggTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATcca < 2:1878866/140‑1 (MQ=255) gtgtgtTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATccacc > 1:3368739/1‑140 (MQ=255) gtgtgtTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATccacc > 1:7864204/1‑140 (MQ=255) | ACGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGCGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATCCACC > NZ_CP025268/3096401‑3096674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |