Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,309,691 | A→G | intergenic (‑82/+26) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,309,691 | 0 | A | G | 99.6% | 1790.2 / ‑5.1 | 516 | intergenic (‑82/+26) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (259/252); total (261/255) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 518 total aligned reads displayed.
CTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CC‑CCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309558‑3309827 | cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCg < 1:2341872/140‑1 (MQ=255) cAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCg > 1:1105432/1‑140 (MQ=255) aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCgg < 1:10018946/140‑1 (MQ=255) aaGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCgg < 2:4912534/140‑1 (MQ=255) ctAAGTGCTGACGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACACGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAggg < 2:6421178/139‑1 (MQ=255) aaGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCa > 1:1069713/1‑140 (MQ=255) aGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCaa > 1:8681275/1‑140 (MQ=255) tGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGc > 1:4165754/1‑140 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAATTGGCaa > 2:5994110/1‑140 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa > 2:8587302/1‑140 (MQ=255) tCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCAACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGACCTGTGCCCGGTAGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCaa > 2:9352509/1‑140 (MQ=255) cGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAAc < 1:6608003/140‑1 (MQ=255) aCGAAACACCTGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGTACGTCCTGTTCCCGGTTGCTGACTAGGCGTCCTGCCCGGGTAATAG‑CGCC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAGATGGCACCCttc > 2:3315139/1‑139 (MQ=255) aCGAAACACCAGCGCCAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGGAGCCCACGGTAGAATGAACGACCTGTTCCCGGTTGCTACCAAGGCGTCCTGCCCGGTGAAATGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTa > 1:1622027/1‑140 (MQ=255) aCGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTa > 2:5541225/1‑140 (MQ=255) 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aGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCg < 1:5387591/140‑1 (MQ=255) gCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGa > 2:2369195/1‑140 (MQ=255) gCTTCATTTCACACTACCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGATTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGACGGCAAATGGCAACCTTAAACGCACTGTTCTGCAGCCGGa < 2:7925700/140‑1 (MQ=255) aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTc < 2:10763444/140‑1 (MQ=255) aTTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTc < 1:1402822/140‑1 (MQ=255) ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg > 1:5213767/1‑140 (MQ=255) ccACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg > 1:1930812/1‑140 (MQ=255) aCTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgct > 2:2526022/1‑140 (MQ=255) tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgctgc > 1:8310032/1‑140 (MQ=255) cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgca > 1:2760500/1‑140 (MQ=255) cccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgca > 2:2724622/1‑140 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:9199529/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:1218988/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:957477/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CCTCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 1:6719166/140‑1 (MQ=255) ccGAAGACCACGGTGGAATGACCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACCAGGCGGCCTGCCCGGTTCAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag > 2:8243648/1‑140 (MQ=255) caGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTACCACGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGcagcag < 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gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 1:625028/140‑1 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag > 1:1782994/1‑101 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:7924062/1‑140 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:1009947/1‑140 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 2:1413070/1‑140 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 2:5364110/1‑140 (MQ=255) 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1:4295075/140‑1 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc > 1:4660911/1‑140 (MQ=255) ttAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCaa > 2:1138143/1‑140 (MQ=255) ttAAAAGCC‑CC‑CCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGACGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGATCAGTCGCTTCTTTAATGATCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCaa > 1:7456459/1‑140 (MQ=255) agcc‑cc‑ccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTcc > 1:3128239/4‑140 (MQ=255) agcc‑cc‑ccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTcc > 1:8896401/4‑140 (MQ=255) 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1:8136783/1‑140 (MQ=255) c‑ccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAc > 2:4313471/1‑140 (MQ=255) | CTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CC‑CCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAAC > NZ_CP025268/3309558‑3309827 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |