Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,341,273 | C→T | S105L (TCA→TTA) | yrbG → | calcium/sodium antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,341,273 | 0 | C | T | 99.5% | 2297.0 / NA | 609 | S105L (TCA→TTA) | yrbG | calcium/sodium antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (328/276); minor base G (1/2); total (331/278) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 609 total aligned reads displayed.
CGCGTCTCTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATCACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAGGC > NZ_CP025268/3341136‑3341408 | cgcgTCTCTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATCTTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGGGAATTAc > 2:1160395/1‑140 (MQ=255) cgcgTCTCTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTAc < 1:3077245/140‑1 (MQ=255) tctcTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACTCCGTGAATTACCCtt > 2:4664315/1‑140 (MQ=255) tctcTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCtt < 1:10383355/140‑1 (MQ=255) tctGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTaa < 1:9092285/140‑1 (MQ=255) aCGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAAtgttg < 1:5670540/140‑1 (MQ=255) acaacGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTgg > 1:6814418/1‑140 (MQ=255) acaacGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTgg > 1:2473254/1‑140 (MQ=255) acaacGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGAGCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTgg > 1:1553083/1‑140 (MQ=255) cacccgATTTAGCCGATGGAACAGCCCTCGGCTCAAACATAATCCAGATATTGCTGATCCACGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTc < 2:7372796/136‑1 (MQ=255) acGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCa > 2:9173310/1‑140 (MQ=255) acGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCa > 1:7603719/1‑140 (MQ=255) aTTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCgtg < 1:10175915/140‑1 (MQ=255) aTTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATAGATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGACTTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCgtg < 2:1428826/140‑1 (MQ=255) aGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGtggtgg > 1:3573833/1‑140 (MQ=255) aGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGtggtgg > 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gCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATAGTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGc < 2:4988201/140‑1 (MQ=255) tACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCg < 1:7391491/140‑1 (MQ=255) tACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATGGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCg < 2:6574806/140‑1 (MQ=255) cAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTCATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTa < 1:8105454/140‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGGCTCACACATTATCCATAAATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTACGACCAATGACCCTCCATTCTGATGTTCAACGCCGAGAATTACCCACCATGTTGTGTGTCAGCGTGGTGGCCGCTTCCGTa < 2:2728773/140‑1 (MQ=255) gCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTAct < 1:1217706/140‑1 (MQ=255) cccTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTActc > 1:9631334/1‑140 (MQ=255) cccTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTActc > 1:6996804/1‑140 (MQ=255) cTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTa > 2:9582979/1‑140 (MQ=255) tCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTAt > 1:1142371/1‑140 (MQ=255) cGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATg > 2:2945927/1‑140 (MQ=255) cGGCTCAAACATTATAAAAATATTGCTGATCCTCGGTATGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTATTATGTTCAACGCCGGGAATAACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTAtt > 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ataCATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTACATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCTGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGAc < 1:8265824/138‑1 (MQ=255) aaaCATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGAc > 2:3214532/1‑140 (MQ=255) aaaCATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGAc < 1:8368276/140‑1 (MQ=255) tATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGc < 1:8611546/111‑1 (MQ=255) tATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTa > 2:2595869/1‑140 (MQ=255) aTCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAg > 1:5948540/1‑140 (MQ=255) 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1:10240849/1‑140 (MQ=255) ttCTGATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCg > 2:8308885/1‑56 (MQ=255) gatgatCTACGCCGTGAATTACCCTTAATCTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTaa < 2:7831780/140‑1 (MQ=255) gATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTaa < 1:9845464/140‑1 (MQ=255) gATGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTaa > 1:6458112/1‑140 (MQ=255) tGTTCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAAc > 1:6703571/1‑140 (MQ=255) ttCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACtt < 1:2922452/140‑1 (MQ=255) tCTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTg < 2:2365954/140‑1 (MQ=255) cTACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGc > 1:7192096/1‑140 (MQ=255) tACGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCa > 2:5559665/1‑140 (MQ=255) cGCCGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACg > 1:798293/1‑140 (MQ=255) ccGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACCACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTc > 2:3354845/1‑140 (MQ=255) ccGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTc > 1:9423018/1‑140 (MQ=255) ccGTGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTc < 1:10792698/140‑1 (MQ=255) tGAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAgg > 1:10092386/1‑140 (MQ=255) gAATTACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAGGc < 1:3309981/140‑1 (MQ=255) | CGCGTCTCTGCACGAACAACGCGATTTAGCCGTTGGTACAGCCCTCGGCTCAAACATTATCAATATATTGCTGATCCTCGGTCTGGCTGCGCTGGTTCGTCCTTTTACCGTCCATTCTGATGTTCTACGCCGTGAATCACCCTTAATGTTGTTGGTCAGCGTGGTGGCCGGTTCCGTACTCTATGACGGACAACTTAGTCGCAGCGATGGTATCTTTCTCCTCTTTCTGGCTGTGCTATGGCTGCTGTTCATTGTTAAACTTGCACGTCAGGC > NZ_CP025268/3341136‑3341408 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |