| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 35,374 | C→G | intergenic (‑2/+4) | caiE ← / ← caiD | carnitine operon protein CaiE/crotonobetainyl‑CoA hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 35,374 | 0 | C | G | 99.6% | 2341.6 / NA | 673 | intergenic (‑2/+4) | caiE/caiD | carnitine operon protein CaiE/crotonobetainyl‑CoA hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (348/322); minor base T (0/3); total (348/325) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 676 total aligned reads displayed.
CACCACGCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGCTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAGCGATACGCTTCTTCTACC > NZ_CP025268/35237‑35510 | ccGCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTa < 1:8850136/139‑1 (MQ=255) acGCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTa < 1:2163366/140‑1 (MQ=255) gCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAAc < 1:6967342/140‑1 (MQ=255) gCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAAc < 1:565880/140‑1 (MQ=255) 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1:6311276/140‑1 (MQ=255) aaTTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCt < 1:7887609/140‑1 (MQ=255) aTTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTg > 1:6701605/1‑140 (MQ=255) aCCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCATTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGaa < 2:7326375/140‑1 (MQ=255) tCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGa > 2:3681262/1‑134 (MQ=255) tCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAg > 1:4733178/1‑140 (MQ=255) tCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAg > 2:2115121/1‑140 (MQ=255) tCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAg > 2:3197464/1‑140 (MQ=255) cacgCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCTATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAGCGa < 2:982383/137‑1 (MQ=255) aacgcctAAGAGCTCACGGTTGATAACCTCCATTCCACACCGCATCGAGCTTCACGCCAAACGCCAGCGGCCCATCAATGGCAACTTCCTCATGCACAACCGATGCATAGTGTTTCAACACGCCGCTTCGAATATACCGa < 2:8635047/134‑1 (MQ=255) aaGGCGTAATAGCTCACGTGTGTGAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGGTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCCTCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATCGCGa < 1:7701612/140‑1 (MQ=255) gCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAGCGATAc < 2:6910380/140‑1 (MQ=255) cGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAAGATAGCGATACg > 2:8152686/1‑140 (MQ=255) tAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAGCGATACGct > 1:6544594/1‑140 (MQ=255) aaTAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGACTATAGCGATACGctt > 2:8463250/1‑140 (MQ=255) tCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAGCGATACGCTTCTTCTa > 2:1762767/1‑140 (MQ=255) cACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAGCGATACGCTTCTTCTAc < 1:8706090/140‑1 (MQ=255) | CACCACGCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGCTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAGCGATACGCTTCTTCTACC > NZ_CP025268/35237‑35510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |