| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 449,814 | T→C | T283A (ACT→GCT) | cyoA ← | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 449,814 | 0 | T | C | 99.3% | 2391.8 / NA | 689 | T283A (ACT→GCT) | cyoA | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (445/239); minor base A (4/1); total (449/240) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 689 total aligned reads displayed.
TAATTTTCCGAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGTCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAATATTCCACCTGGTTGTATTCGCTAGGCGCGGCCAGTTTTTCGAACGCAGCCATGTCAGACATGGTGTTCGGCGACTGCTTCGC > NZ_CP025268/449677‑449949 | tAATTTTCCGAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCa > 1:4398992/1‑140 (MQ=255) aaTTTTCCGAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCAt > 2:4690309/1‑140 (MQ=255) aTTTTCCGAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa < 2:8575793/140‑1 (MQ=255) aTTTTCCGAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATa < 2:10366254/140‑1 (MQ=255) aCATCTTTATTCGTCCTCAACCCCTTTACTGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTa < 1:5964303/140‑1 (MQ=255) cTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTa < 1:3285565/140‑1 (MQ=255) tATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACAt < 2:10043343/140‑1 (MQ=255) ttcCTCAACCCCTTTAATTGGCGGATTACGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCTTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGTCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACAGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCa > 2:6857422/1‑140 (MQ=255) ccTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCaaa > 1:10729578/1‑140 (MQ=255) ccTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCaaa > 1:1369784/1‑140 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1:6910117/140‑1 (MQ=255) cGTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAATATTCCACCTGGTTGTATTCGCTAGGCGCGGCCAGTTTTTCGAACGCAGCCATGTCAGACATGGTGTTCGGCGACTGCTTc < 1:2440106/140‑1 (MQ=255) gTGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAATATTCCACCTGGTTGTATTCGCTAGGCGCGGCCAGTTTTTCGAACGCAGCCATGTCAGACATGGTGTTCGGCGACTGCTTCg > 2:3470391/1‑140 (MQ=255) tGAGCCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAATATTCCACCTGGTTGTATTCGCTAGGCGCGGCCAGTTTTTCTAACGCAGCCATGTCAGAAATGGTGTTCGGCGACTGCTTCGc > 1:9190334/1‑140 (MQ=255) | TAATTTTCCGAACATCTTTATTCTTCCTCAACCCCTTTAATGGGCGGATTCCGCGTGGCTCATGTCCATGCCTTCCATACCTTCGTGTGCGCTGTGCTCACCTTCTGGCTGGGTCATGTCCATGCTCTTACCGTGAGTCATAAACTTGTTAATTACATCGGCAAACAAGTCTGGTTTCACGTTGGAGAAATATTCCACCTGGTTGTATTCGCTAGGCGCGGCCAGTTTTTCGAACGCAGCCATGTCAGACATGGTGTTCGGCGACTGCTTCGC > NZ_CP025268/449677‑449949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |