| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,936,791 | (G)6→5 | pseudogene (1097/1180 nt) | purT → | formate‑dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,936,786 | 0 | G | . | 99.1% | 2969.7 / 13.8 | 635 | pseudogene (1092/1180 nt) | purT | formate‑dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base . (275/350); total (280/355) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 687 total aligned reads displayed.
TGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGCCCGATCCTCGATCGGGCAT > NZ_CP025268/1936648‑1936921 | gTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCAGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTgggg < 1:1082028/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTCTTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 1:1141917/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg > 2:10151350/1‑140 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 2:10277654/140‑1 (MQ=255) 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1:3915335/1‑140 (MQ=255) ttATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCaaaaaaa < 1:3608573/140‑1 (MQ=255) ttGGTAAGCCGGTAATTGATGGCATCCGTCG‑GAGGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCt < 2:7725265/140‑1 (MQ=255) tAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACaa > 1:7022518/1‑140 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGTCGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 2:8711433/140‑1 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 2:104459/140‑1 (MQ=255) 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2:976229/140‑1 (MQ=255) tcgtcT‑GGGGGTGGCAATGGCAACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCCTTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGGTACAAAAATGCCCGATCCTCGATCGGGCa > 2:10573325/1‑140 (MQ=255) | TGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGCCCGATCCTCGATCGGGCAT > NZ_CP025268/1936648‑1936921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |