| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,244,790 | (C)6→5 | pseudogene (915/1042 nt) | galS ← | HTH‑type transcriptional regulator GalS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,244,785 | 0 | C | . | 98.8% | 2710.7 / 18.8 | 580 | pseudogene (920/1042 nt) | galS | HTH‑type transcriptional regulator GalS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); major base . (227/342); minor base G (0/7); total (228/352) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 639 total aligned reads displayed.
CACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCG > NZ_CP025268/2244647‑2244920 | cacaGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGcc < 2:6181399/140‑1 (MQ=255)cacaGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGcc > 1:11020641/1‑140 (MQ=255)cacaGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGcc < 2:8384465/140‑1 (MQ=255) acaGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATGTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccc < 1:9046769/140‑1 (MQ=255) ttGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccccctgc < 2:5773586/140‑4 (MQ=255) ttGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccccctgc < 2:2278382/140‑4 (MQ=255) tGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGccccctgca > 1:7174207/1‑136 (MQ=255) aGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGc < 2:8556109/140‑1 (MQ=255) cGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCa > 1:2625012/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCATGGCCAGt > 1:8333510/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGt > 2:406407/1‑140 (MQ=255) tACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTc < 1:2104853/140‑1 (MQ=255) aCATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCg < 1:1006945/140‑1 (MQ=255) aCATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCg < 1:8449567/140‑1 (MQ=255) aCATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCg < 2:2474334/140‑1 (MQ=255) ccTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCt > 2:329430/1‑140 (MQ=255) ccTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCt > 2:10480509/1‑140 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAAtt > 1:3942813/1‑140 (MQ=255) ttgAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGcc > 1:4125872/1‑140 (MQ=255) gAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACTCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCACCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCAt < 2:1590413/140‑1 (MQ=255) gAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCAt < 1:11533095/140‑1 (MQ=255) gTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTg < 2:3111102/140‑1 (MQ=255) aGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCAGAGAAg > 2:6370174/1‑140 (MQ=255) gTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGC‑GGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGc < 2:4422964/140‑1 (MQ=255) gATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCaa > 1:3756982/1‑140 (MQ=255) tCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATg < 2:10303907/140‑1 (MQ=255) cgccgccgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGCTCAATCTTGCGTGCTG‑CCCCCTGCACGGCCAGTTCGGTGGCTAGTTTCGCCGTTGAAGctctgg > 2:9248012/1‑135 (MQ=255) ccgccgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGa > 2:1241664/1‑140 (MQ=255) ccgccgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGa > 1:1217507/1‑140 (MQ=255) ccgccgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATGGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATGTCGCCATTGAAGCAATGGGa < 2:10820061/140‑1 (MQ=255) cagccgcATTCTGTCTTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTATCGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGCTGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCAATTGAAGCAATggta < 2:7658378/138‑3 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:10677195/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:864555/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 2:3476681/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:4731689/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 2:2613526/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:4973161/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 2:6626303/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGGGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:7728075/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGTGTAGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:3122429/140‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGAGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCa < 1:10825362/140‑1 (MQ=255) gCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCTCGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CGCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTTTTTTCGCCATTGAAGCAATGGGTTAACGCACGGTCg < 2:3966573/140‑1 (MQ=255) gCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCg < 1:4250916/140‑1 (MQ=255) cGTGTTGCGACAGACTGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACCGTGGCTGGCCCGAGGATCACTAGTGCCTGCTG‑CCCCCTGCACGGCCAGTTCGGTGGCTAAGTTCGCCCTTGAAGCAATGGGCTAACGCCCGGTCGt > 2:3641108/1‑140 (MQ=255) ttGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAAt > 2:9559642/1‑140 (MQ=255) gCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTg < 1:5415196/140‑1 (MQ=255) gCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTg < 2:9064370/140‑1 (MQ=255) aCAGAATGGCGACGCACTGACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCgg < 2:7282132/140‑1 (MQ=255) aCAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGCGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCAGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCgg < 1:4523476/140‑1 (MQ=255) aGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGt < 1:8212473/140‑1 (MQ=255) aGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGt < 1:5889587/140‑1 (MQ=255) aGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATAGTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGt < 2:4905722/140‑1 (MQ=255) gAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCC‑GCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTc > 2:3814436/1‑140 (MQ=255) gAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTc < 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gACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGNTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATCGCGGGNCGGTGTaa < 1:6191752/140‑1 (MQ=255) aCGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCCTTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTATTTGCGGGGCGgtgttag > 1:6721470/1‑137 (MQ=255) cACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACggg > 1:10585499/1‑140 (MQ=255) aCTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGc < 2:672028/140‑1 (MQ=255) cTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCg < 2:10729424/140‑1 (MQ=255) cTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCg < 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gCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCACCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAata > 2:9817519/1‑140 (MQ=255) gCAAAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTACTTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAata > 2:8921537/1‑140 (MQ=255) aaaaCAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATatcat < 2:1121729/140‑1 (MQ=255) aaCAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCg > 2:7984665/1‑140 (MQ=255) aaCAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCg < 2:7490590/140‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGaa < 1:8511119/140‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGaa < 1:8094516/140‑1 (MQ=255) tggctggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGGTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAAcc > 1:5251936/1‑140 (MQ=255) gggctggcACGAGGAGCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGGTCGGAGGCGAAGTTCGCCATTGAAGCAATGTGCTCACGCCCGGTCGTGAAGTGCGGGTCGGTGTCACGGGCGATGGGAATATCATCGAAAcc > 2:1505654/2‑140 (MQ=255) tctggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCga < 1:10271439/139‑1 (MQ=255) gctggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCga < 1:11265240/140‑1 (MQ=255) tggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCgatg > 2:10112453/1‑140 (MQ=255) cACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGATCGGTGTCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAAATGCGGGACGGTGTAACGGTCGATGGGAATATCATCTAAACAGAAGAtt > 2:7801449/1‑140 (MQ=255) aCGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTg < 1:2827442/140‑1 (MQ=255) gAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCACGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCAAGGTCGTTAATTGCGTGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCTCAACCGAtgagtgag > 2:10567819/1‑140 (MQ=255) cactatTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCATTTCGGTGGATAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATgg < 1:9800519/137‑2 (MQ=255) cAATATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGt > 2:6061537/1‑140 (MQ=255) aaTATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTgag < 1:3235757/133‑1 (MQ=255) aaTATTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTa > 1:2264801/1‑140 (MQ=255) atatTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTaa < 1:10154390/140‑1 (MQ=255) tatTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAAc < 1:9591673/140‑1 (MQ=255) atTGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACg < 2:9705881/140‑1 (MQ=255) tGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCACTGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGa > 1:2554901/1‑140 (MQ=255) tGCCTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGa > 2:4186202/1‑140 (MQ=255) ccTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAAt < 1:934291/140‑1 (MQ=255) ccTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAAt > 1:8714735/1‑140 (MQ=255) ccTGCTG‑CCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTGAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAAt > 1:1433889/1‑140 (MQ=255) tgctg‑cCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCg > 2:1917816/1‑140 (MQ=255) tgctg‑cCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCg < 1:6507713/140‑1 (MQ=255) tgctg‑cCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCAGCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCg > 2:5260291/1‑140 (MQ=255) | CACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCG > NZ_CP025268/2244647‑2244920 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |